以03版为例，动画先用近三集的时间讲述现在的爱德和阿尔正在旅行的途中，直到第三集才以插叙的形式讲述他们为何会踏上旅程。
合理的叙事既确保了故事的进度，又兼顾了伏笔的悬念；但电影版却直接在开头讲述了兄弟两人为复活母亲而尝试禁忌炼金术---人体炼成的故事。
考虑电影的长度，这样的改编其实无可厚非，但让观众万万没想到的是，这个中规中矩的改编正是整部影片中唯一能够称之为合理的部分。
在讲述完兄弟俩的过去后，电影也按照时间顺序讲述他们抓捕柯奈洛教主的故事。在这一部分中，电影第一次秀出了经费爆炸的特效，将炼金术的“理解，分解，再构造成立”法通过短短几幕的战斗场景表现出来。
同时，借着抓捕教主一事，引出了大佐、温莉等对后续剧情的推动有着重要作用的关键人物，以及《钢炼》中最经典的故事---“大哥哥”。
爱德与阿尔来到了修·塔卡的家中，并结识了他的女儿妮娜与爱犬亚里士多德，三人在这里度过了一段非常充实且快乐的时光。不过为了追赶进度，电影选择了在此加速剧情。
一边是爱德留下阿尔后，和温莉前去马可医生的所在地寻找贤者之石、一边则是修·塔卡在研究合成兽。
当爱德华在获得线索回来之后，修·塔卡便自豪地向爱德华介绍了他做出来的合成兽。起初爱德华还由衷地为实验的成功感到高兴，然而当这个似狗非狗的合成兽说出那句骇人的“大哥哥”时，爱德华表情骤变，意识到事情的不对。
