傍晚时分，江边的河堤上，刚从学校回来的真琴和千昭照例走在一起，千昭突如其来的表白让真琴有些不知所措，她还沉浸在两人之间的纯真友谊里，便用自己的时间穿梭之力将表白抹去。
友情带来的安全让真琴很是珍惜三人间的友情，而在感情的不确定中，她选择了逃离。青春年少的恋爱，总是充满着悔恨，而真琴则是借助自己的时间与空间的力量，来逃离这段不可知的爱情与痛苦。
可是，让她没有想到的是，千昭对她的爱，让她的人生发生了翻天覆地的变化，也让她的伤痛更深了。最后，真琴和千昭之间的这段青涩之恋，并没有能够延续，而是在一部科幻片的故事里，以时间和空间的错位而告终。
2006年夏季公映的《穿越时空的少女》，在短短36天内就创下了日本票房纪录，创造了一个新的纪录，创造了一个新的纪录。时至今日，《穿越时空的少女》依然是日本青春漫中的经典，筒井康隆的穿越故事至今还让人回味无穷，细田守的写实风格更是让人耳目一新。
这部电影之所以能让影迷们如此着迷，不仅仅是因为这部充满了青春气息的纯爱电影，更是因为导演细田守对剧情的把握，在悲欢离合之间，令人叹为观止，他将科幻小说家筒井康隆隐藏在《穿越的少女》中的那份细腻而又懵懂的青春感情，以一种全新的方式展现了出来。
鲁迅先生曾经说过：“悲剧，就是为了让别人看到生命中有意义的事情而去破坏它。”在电影里，悲剧就是将所有美好的东西都展示出来，然后在观众的眼前毁灭，让他们在无尽的叹息和悔恨中，将一切美好的瞬间都封印起来。
正因为如此，人们才会说，只有悲剧，才会让人铭记，才会让人流芳百世。正因为如此，在影视艺术上，悲剧所具有的威力与影响，确实比喜剧界的任何一种戏剧都要大得多。
《穿越时空的少女》这部动画片所表达的“悲”，是一种比较复杂的情绪，它既是一种青春逝去后的失落，也是一种对爱情的迷茫，对爱情的渴望，更是一种当他们第一次意识到爱情的真谛，想要向爱情敞开心扉时，却发现爱情还没有开始，爱情就已经结束了，一种深深的绝望。
