自隋唐以来，历代皇帝都会派官员到南海神庙祭祀，留下了大量御祭碑刻，南海神庙也因此被誉为“南方碑林”。上图中的明洪武碑，立于明太祖朱元璋洪武三年（1370年），碑文由明太祖朱元璋授意礼部侍郎王玮撰写，内容为取消以前各朝代的南海神封号，改封为“南海之神”。
唐朝时期，一位名叫达奚的波罗国人(古印度)乘船来到广州，因迷恋广州美景，误了返程的海船，他每日举手于额前望海哭泣，希望有船回来接他。达奚去世后，当地民众将其厚葬，并按他生前望海的样子，塑像祀于南海神庙中，封为“达奚司空”、“助利侯”，南海神庙也因此被称为“波罗庙”。
据说南海神庙还是广州求姻缘最灵的寺庙之一，庙内供奉的“南海之神”赤帝祝融，是掌管南海生灵的远古上神，他法力极强，掌管万物的四季轮回，善男信女来南海神庙祈福，无不对其顶礼膜拜，当地民间自古流传着“第一游波罗，第二娶老婆”的说法。
在南海神庙前的西南角有一座小山丘——章丘岗，岗顶建有一座唐代的浴日亭，在亭中可眺望远处的海面日出。宋哲宗绍圣初年（1094年），大诗人苏东坡来到惠州，曾登上章丘岗，在浴日亭观赏日出，并写下七言律诗一首，从此浴日亭声名鹊起，成为古时的羊城八景之一和历代文人墨客的雅集之地。
