尽管铁路机动弹道导弹的优点很突出，但缺点也是非常多的，我们简单举例：
一是铁路机动导弹列车的伪装难度太大。很多人说是导弹列车可以混杂在民用铁路列车其间，但其实这种导弹列车一眼就能看出来，伪装是比较困难的。此外，导弹列车需要依托铁路系统来运行，这种开放式的组织形式对于保密工作简直是灾难。
二是铁路机动弹道导弹是需要使用专用线路的，不能在干线上发射，这在一定程度上限制了导弹的机动性，在远程侦察手段日新月异的当今，在一个国家的铁路系统中找出铁路机动弹道导弹的专用线，是很容易的。
也有人说是电气化铁路架空电缆限制了铁路机动洲际导弹，如果列车行驶在电气化铁路上，有架空的电网阻挡导弹起竖发射。这时，是直接迫使列车脱轨，还是毁掉电网？其实这不是问题，如果行驶在电气化铁路线上，在发射前导弹列车会停下来，用特殊装置拨开或炸掉供电接触网，然后再发射导弹。
此外，铁路机动洲际导弹不能进入高铁网络。我国的高铁都是专用的高速载客铁路，都采用电力动车组，轴重较低，只有15吨左右，而如果想承载洲际导弹，轴重需要20吨以上。而且高速动车组和普通货运列车牵引方式不同，动车组分散动力以求获得更高的速度，但牵引力不如货车，货运列车使用机头集中牵引，获得更大的牵引力，保证高运载量，不求速度。因此铁路机动洲际导弹只能在普通铁路线上跑。
三是铁路列车机动的振动太大了，使用铁路列车发射的洲际弹道导弹的设计寿命都非常低，只有普通陆基洲际弹道导弹的一半左右。这主要原因是铁道列车行驶的振动和调车冲击比较大，严重影响固体火箭燃料和导弹精密设备的稳定性。此外还有导弹的维护保养，装备更新迭代费用高等缺点。
四是铁路机动发射也是有预设阵地的。不是到处都能发射。仅仅能在事先选择的，已经测绘和加固的部分铁轨上发射。特别是一旦铁路线路遭受了敌方打击，如桥梁和隧道等关键点，就使得铁路机动发射系统难以实现大范围机动发射的这一核心作战要素。
此外则是铁路机动发射系统对铁路系统要求较高，如铁轨的承载能力、铁路建设能否覆盖作战全域、以及日常维护保养和导弹的维护保养，装备更新迭代费用高等缺点。所以，铁路弹道导弹系统只能作为陆基机动发射和地井发射洲际导弹的补充。
因此，对于利弊突出的铁路机动发射系统，是否列入军备预算发展这一问题上，各国均保持谨慎的态度。依照目前态势而言，美国已经完全摒弃，原因在于其拥有着完善的“三位一体”核打击威慑能力，俄罗斯因为预算也放弃了。中国很可能从一开始就没有搞铁路机动洲际导弹的打算。
铁路弹道导弹系统只能作为公路机动发射的补充，如果有比较先进的陆基机动洲际导弹（例如东风-41），那么完全没有必要再发展一种铁路机动的洲际导弹，国家的钱不是大风刮来的，在进行核威慑和核反击体系建设中，预算是首先要考虑的。
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