2001年，国家863计划重大攻关科研项目支持的银河麒麟品牌操作系统诞生，最开始的时候银河麒麟操作系统仅支持银河I、银河II巨型计算机专用CPU的麒麟系统。2002年，国防科大承接国家863计划研究，在2006年的时候发布了银河麒麟操作系统1.0版本，经863计划、核高基重大专项的打磨，衍生出了桌面操作系统、服务器操作系统、嵌入式操作系统。
2004年2月份，深度科技团队在开源社区发布了Deepin Linux产品Hiwix，后续基于此版本陆续推出了多个版本的操作系统，直到2009年，正式更名为Linux Deepin。随着时间的推移，Deepin OS 逐渐积累了很多粉丝，赢得了用户的喜爱和认可。2019年，发布Linux Deepin 9.12版本， 2020年，发布Linux Deepin 10.06版本。2011年发布的Deepin 11版本中，深度科技首次引入了深度桌面环境（Deepin Desktop Enviroment，简称DDE）。同年，武汉深之度正式成立。2014年4月份，Linux Deepin 改名为Deepin。后续，Deepin OS在全球开源操作系统排行榜上，长期保持前12名，可以说是中国民用本土最成功的本土桌面操作系统之一。
2006年1月份，国务院发布《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006年-2020年）》。其中，其将“核高基”，即核心电子器件、高端通用芯片（CPU）及基础软件（操作系统）项目确立为推进我国信息技术发展的16个重大专项核心部分之一，明确了发展基础软件的目标，这也标志着信创（信息技术应用创新）的起步。
同年，中科红旗大*（听说由于内耗）成立了中科方德，是中科院软件所的直接下属单位。
2010年，广东新支点技术服务有限公司与中兴通讯股份有限公司联合研制的适合电信级服务器的Linux操作系统New Start CGSL（Carrier-Grade Server Linux）。
同年，华为在公司内部也发布服务器操作系统Euler OS，开始在公司内部的云产品及ICT产品进行规模化的使用。
2013年年底，中科红旗爆出资金链断裂问题和工人“讨薪”事件。第二年，公司进行解散清算。随后在8月份被五甲万京信息产业集团收购，品牌保留了下来。其继续承担红旗Linux相关产品研发、销售、技术服务支持和品牌推广等工作。
2014年，Windows 8 因安全问题而未能入围中国政府采购，国产桌面终端操作系统迎来机遇。
同年12月份，天津滨海新区人民政府与国防科技大学在中国电子信息集团（CEC）支持下，成立天津麒麟信息技术有限公司。国防科大正式将“银河麒麟”品牌授权给天津麒麟。2018年，银河麒麟操作系统荣获国家科技进步一等奖，中国操作系统历史的唯一。
2016年，华为立项研发鸿蒙操作系统To C业务端，面相移动端用户消费者，不涉及桌面终端与服务器端操作系统。至2021年，开源鸿蒙发布了首个LTS版本。
2019年12月份，中国电子信息集团旗下的中国软件宣布整合中标软件与天津麒麟，设立新公司，打造国产Linux操作系统，名为麒麟软件有限公司。
银河麒麟桌面OS SP1
同年，武汉深之度科技有限公司、南京诚迈科技有限公司与中兴新支点签署合作协议，发起统一操作系统项目，即统信操作系统（UOS），公司名为 统信信息技术有限公司。2020年1月16日，统一桌面操作系统与服务器操作系统 UOS 20正式版发布。
统信桌面UOS V20
同年12月31日，华为Euler OS 开放源代码，建立服务器操作系统开源社区Open Euler（官网地址 https://www.openeuler.org/zh/）。后续国产服务器操作系统厂商均纷纷基于Open Euler OS发行商业版本，如麒麟软件银河麒麟高级服务器操作系统、统信软件UOS 20、普华软件、中科方德、麒麟信安等等。
2020年2月份，红帽公司官网宣布CentOS停服，将终止既定的维护计划。CentOS 8 系统在2021年底结束支持，CentOS 7系统将在2024年6月底停止服务。2022年，国家针对CentOS停服事件提出相关应对策略，给操作系统国产化进程又往前大大的推进了一步。
2021年10月20日，在2021云栖大会上，阿里云发布全新操作系统“龙蜥”操作系统（Anolis OS）并宣布开源。龙蜥操作系统是一个企业级别的操作系统，已在阿里内部使用打磨了10余年之久。且龙蜥OS 经受过淘宝双十一的大流量活动的验证，证明了其高性能与高稳定性。
2022年6月，麒麟软件发布了中国首个桌面操作系统根社区Open Kylin社区。
目前，国产操作系统商业版本中，从技术成熟度、国产CPU芯片适配情况、生态完善度，以及市场占比来看，主要有麒麟软件与统信软件操作系统两家厂商（据赛迪顾问统计，麒麟软件已在中国本土Linux市场占有率排名连续12年第一）；开源操作系统，华为的Open Euler OS 与阿里的龙蜥 OS为主流OS，使用用户较多。还有其他一些商业版本厂商如下：
