终于，到了武德九年，太子李建成和秦王李世民，为了争夺储君之位，矛盾日益升级。到了武德九年，玄武门事变爆发。
这场手足相残的政变，最后以李世民的胜利而告终，并且将李世民送上的皇帝的宝座。
而李世民在登上皇帝位后，对于曾经给自己造成大麻烦的魏征，非但没有疯狂报复，反倒是将其重用。因为曾经敌对，所以李世民深知魏征的才能。
从这一年开始，魏征开始在李世民麾下为官。这一年，魏征47岁。
在接下来的十几年里，魏征开始全心全意辅佐李世民。魏征以能言敢谏闻名，经常强硬的对李世民谏言，难免会让李世民觉得不舒服。最激烈的一次，李世民曾经明言要*了魏征。多亏了长孙皇后的劝诫，李世民才没有这样做，而魏征也得以继续进言。
纵观贞观年间的很多事情，李世民犯过的错误，其实不止一次。但这些错误，大多因为魏征的谏言，防患于未然，没有酿成大祸。正是因为这样的原因，李世民才会对魏征那么看重，将其排在凌烟阁上的第四位。
那么，如此受重视的魏征，为何仅仅去世半年之后，就会被李世民清算呢？
这就要说起魏征生前所做的另外几件事情了。
魏征敢言敢谏，李世民之所以能一直容忍，除了李世民自身的大度之外，还有一个重要原因，那就是魏征本人，并不善于结党。正是因为这个原因，李世民才能容忍魏征的冒犯，因为魏征不会对他的统治造成任何威胁。
但是，魏征为官期间，除了对李世民谏言之外，还做过其他的事情。比如，向李世民推荐人才。魏征曾经向李世民推荐侯君集、杜正伦两人，说他们二人，有宰辅之才。
客观来说，魏征的这个推荐，倒也没有错。因为从后来的历史发展来看，这两个人的才能，确实是足以做宰相的。尤其是杜正伦，到了唐玄宗时期，也确实做过宰相。
但问题是，当魏征去世之后，仅仅过了两个月的时间，就发生了一件事。正是这件事的发生，使得魏征本来公平无私的推荐，彻底说不清了。
这件事，就是李承乾谋反。
魏征去世于公元643年2月11日。仅仅在魏征去世不到半个月之后，就传来了齐王李佑谋反的消息。李佑的谋反，很快就被镇压。到了四月初六，这件事就已经彻底了结，李佑本人也被贬黜为庶人。
但是事情并没有就这样结束。
李佑的谋反，间接牵连出了当时作为太子的李承乾。当时在审问李佑案的时候，意外牵连到李承乾的亲信纥干承基。四月初一，纥干承基供出，李承乾竟然也要谋反！
最终，李承乾被剥夺了太子位，贬为庶人。
李承乾案发之时，魏征早已去世数月。但这件事，却间接牵扯到了魏征。
一方面，魏征曾经是太子李承乾的老师，而且还是李世民亲自指定给李承乾的。另一方面，魏征曾经推荐的侯君集、杜正伦二人，都是太子党最核心的成员。尤其是侯君集，更是太子李承乾的岳父。
如此一来，魏征的位置，也就变得十分尴尬了。
正是因为这样的原因，当时盛怒之下的李世民，直接下令，推倒了魏征的墓碑，同时毁掉了魏征长子魏叔玉和衡山公主的婚事。至于挖坟鞭尸一事，仅仅只存在于野史当中，正史并无任何记载。
