以上，于谦的一生都还算得上顺利，但是也并没有什么惊世的丰功伟业，真正能够彪炳千秋的功业，是在土木堡之变后，同样，这也是于谦悲剧的源头。
正统十四年（1449年）七月，瓦剌也先大举进犯，王振怂恿年轻的英宗亲征，这当然不妥，于谦和当时的兵部尚书邝埜极力劝谏，但但是年轻气盛的英宗却根本不听，执意亲征。于是邝埜跟随明英宗一同出征，去管理军队，于谦则被留在了京师主持兵部的工作。
果然，这次极其不明智的亲征出了大问题，在土木堡，明朝的精锐几乎全军覆没，皇帝英宗也被俘虏，这就是土木堡之变。这个消息传回，朝廷大震，慌了手脚。此时留在京师监国的郕王，立刻命令群臣讨论作战和防守的方略。
徐有贞站出来，说星象有变，迁都南京。很明显，就是看瓦剌强大，想要避开，但是于谦怎么可能同意。他站出来呵斥"京师天下根本，一动则大事去矣，独不见宋南渡事乎！"这一言得到了朝中众多大臣的支持，也同样被孙太后欣赏，于是于谦就成了朝堂上的主心骨。
于谦首先请郕王从外省调兵，当时明朝的精英几乎全折在了土木堡，于谦就立刻编排这些新来顺天府的军队，悉心筹划，让本来惶惶的民心稍微安定了下来。
之后他请求太后立郕王为皇帝，郕王再三推辞，认为真正的皇帝英宗还在瓦剌手里，自己不能够钻这个空子取而代之。但是于谦却很正直也很明确的表示，此举是为了江山社稷考虑，而不是为了您或我任何一个个人考虑。国不可一日无君，而且如果您不即位，瓦剌用他们俘虏了的圣上威胁，我们岂不是毫无办法？投鼠忌器，这样怎么能于江山有利呢？郕王被说服，九月，郕王即帝位，是为代宗。
果然，这样一来瓦剌想要拿手里的英宗威胁明朝的计划就流产了，朝廷秩序得到了基本维护。于谦不负众望，一场京师保卫战轰轰烈烈，终于是保住了大明的江山，英宗也安然回到自己的国家。
看起来似乎皆大欢喜，但是从新立皇帝的那一刻起，于谦就彻底上了一条必死的不归路。
景泰八年（1457）代宗朱祁钰病重，正月壬午，英宗在大臣石亨、徐有贞的帮助下复辟重新为帝。与此同时，于谦被捕，最终定下罪名是谋反，要处以极刑。英宗其实也是不忍的，他说"于谦实有功。" 石亨和曹吉祥、徐有贞这些人肯定不会放过于谦，于是向英宗说复辟这件事，如果不*于谦，那就是名不正言不顺。英宗心知肚明于谦的功绩，但也清楚知道于谦不*不行，于是最后还是决定*了于谦。
于谦也知道自己的死是不可避免的，于是慷慨而去，永远的留在了景泰八年（1457）的京城里。
一代忠良，最终也是热血冰凉了。于谦的死因是多方面的，他自己本身，皇帝的意志，佞臣的诬陷，他必须死。于谦自己也知道，死是肯定的，不过早晚而已，他很清楚，在当时的情况下，江山社稷还是自己的身家性命，他只能选一个。他选择了天下，拥立新帝，他明白这样做，英宗回来后他一定没有好下场，但他还是义无反顾，虽千万人吾往矣。他的高度一点不亚于他一直敬仰的文天祥，这也是他长久夙愿的实现。最后的于谦，正如他的诗《石灰吟》中写到的那样，"粉骨碎身浑不怕，要留清白在人间。"
