堵口进行时
在战斗中进行的第二次、第三次堵口1946年6月底，在花园口第一次堵口失败，水淹解放区的阴谋受挫后，国民党的军队加紧了军事进攻。7月下旬，白崇禧在新乡召开军事会议，计划兵分三路进攻冀鲁豫解放区。但刘邓大军乘国民党调动兵力之际，于8月10开始在陇海路上发动了反击，解放了陇海路沿线5个县、12个车站，控制铁路300多公里，切断了郑州与徐州之间的联系在菏泽西南大杨湖一带将国民党军第三师一举歼灭，并俘虏了其师长。为了配合其军事进攻，国民党政府于10月5日恢复花园口堵口，并限期12月底水归故道。到了12月15日，在龙口开始大量抛石，随着石坝的升高，水位也随着抬高，流速增大，12月20日，用于施工的栈桥被冲断，第二次堵口宣告失败。经昼夜抢护，虽然石坝缺口得以恢复，但此时已是严冬，河中已有冰凌出现，无法顺利下桩，再加上口门缩小带来的水流增强，接连出险。12月27日，国民党政府在未通知中共方面的情况下，在挖开引河，向故道放水，，意图减小堵口处的流速。但在1947年1月15日，部分石坝下陷4米，桥桩被冲断，石坝缺口扩宽到了32米，第三次堵口又失败了。
接连的三次谈判和会谈由于双方矛盾升级，国民党政府消极的对待应履行的支付工款和救济款的义务，1946年底和1947年初，双方进行了张秋会谈、邯郸会谈和上海会谈。张秋会谈最终未签订协议。邯郸会谈主要是解决黄河故道引河放水问题，会上联总的工程师塔德表明“只占全河水量的百分之二，不会造成大的损害”，遭到了大家的一致反对。随后中共代表发出了声明，谴责堵口放水的行径，并要求及时发放工款、救济款、设备等问题。这些严正声明，促成了上海的再次会谈，虽然没有改变国民党政府早日合龙的决定，但解决了工程粮款的问题，国民党政府在会谈后将拖欠的40亿元工款以及150亿元河床居民救济款陆续拨出。
即将成功
堵口成功第三次堵口失败后，工程局连日召集技术人员开会，分析原因，又商讨出新的堵口方法，并将参与堵口的民工增加至6万多人。到1947年3月7日大坝加固、向故道引河开挖全部完成，3月8日开始堵口，3月15日堵口成功，黄河水归故道。
堵口之后的沙地
位于下游的解放区在堵口完成河水下泄后的情况花园口堵ロ成功之时，在解放区尚有有120余里堤坝未修复，险工37处未完成。不过这一时期水量较小、水流较慢，且各工段第一期的修补旧堤工作己大致完成，但还是迫使下游地区不得不投入更多的人力物力加紧复堤，掀起抢险护河自救运动。到6月27日，修复故堤及整理险工基本已全部完成。花园口堵口后，黄水汛期的第一次洪水在1947年7月底到达，没有发生较大险情。
此时，故道河床内的村庄均被淹没，黄河口三角区75％被淹没，被淹没地区交通运输均停顿；在河北和山东，不包括河口地区直接受洪水影响的就有75000人。1947年3月21日时，故道水深处已达2丈，宽达3里，由于一些堤段尚未竣工，部分险工也未修复，加之水势不断上涨，一部分地方已溢出河槽，水势已达的地区，部分村庄被淹，粮食等物受到了损失。到了4月桃汛之际，因水量有很大可能溢出河槽迫刷两堤，沿故道各县临时成立防汛指挥部，组织星夜抢修加高险工埽坝，迁移河道居民。此后，修复黄河水道、安排抗洪抢险在很长一段时间内都成为这一区域的政府和人民的主要任务。
最终“以水代兵”的如意算盘没有打响在这次堵黄河决口使之回归故道的事件中，国民党方面一开始的计划就是想以西起风陵渡东至济南的1000公里黄河天堑为防线，在该地段用少数兵力采取守势，以黄水代替军队阻止共产党领导下的的华东和晋冀鲁豫军队的机动配合作战，以便逐次用兵，各个击破。同时在其两端的山东和陕北采取攻势，即所谓的“哑铃战略”。
但是，黄河回复故道不仅没有实现国民党方面的以水代兵策略，反而让共产党方面在复堤过程中征集到民船，为刘伯承、*率部渡过黄河奠定了基础。1947年6月30日夜，从濮县至东阿县150公里的黄河战线上，刘邓大军强渡黄河，黄河南岸国民党军队的防线土崩瓦解，所谓“四十万大军”的黄河防线全面崩溃。至此，国民党以水代兵的计划彻底失败。
