不同于闽南寺院多采用红砖墙，在普陀山的建筑多为明黄色砖墙，这也是皇帝御用的颜色。寺内古树参天，佛音缭绕，禅意悠悠。
很多游客第一次来普济寺会发现普济寺的大门紧闭，只能从侧门进，很是疑惑，一般寺庙都是大门敞开欢迎香客前来。这其中有一个典故：清朝乾隆皇帝微服下江南时来游普陀山，到普陀山已是夜深，见山门紧闭，于是让小和尚报告说京城来了个万老爷，要求打开寺门。小和尚报告方丈说有人要入寺，却忘了京城二字。方丈说：国有国法，寺有寺规，寺门是不会开的，除非是天王老子来了。这个粗心的小和尚没有听完最后一句就跑了出来，转告说寺门不开，请走侧门。无奈，这个天王老子只好走了侧门。乾隆一气之下，回朝后下旨此门永不能开。普济禅寺主持后来听说果然是皇帝老子来过，便苦苦恳求，乾隆顾及自己的金口玉牙，便取折中之法，封此正山门只有在观音生日那天能开。谁知观音生日每60年一次，这正山门也就只有每60年开一次了。这种惯例延续至今。
普济寺的莲花池边上可见一宝塔，这就是“多宝塔”，多宝塔取《法华经》“多宝佛塔”之义而定名，是普陀山唯一保持原貌的最古老的建筑物，它与法雨寺中明朝南京故宫惟一存世的宫殿建筑九龙殿、杨枝庵中根据初唐著名大画家阎立本绘的观音画像刻成的杨枝观音碑和佛顶山上稀世物种鹅耳枥树，合称为“普陀四宝”。
