元朝的济宁路
原来金朝境内的汉人武装头目严实和石珪，在成吉思汗率兵南下攻金时，很早就归降了，成吉思汗封严实为东平路行军万户，石珪则为济、兖、单三州兵马都总管、山东诸路都元帅。后来为了减弱这些汉人武装头目的实力，把东平路剖分为十，济、兖、单三州的归属和建制遵循金朝路州的旧有界线进行划分，同时还由元人的力量进行了接管。
济宁府就是在这样的背景下设置的，至元八年（公元1271年）设济宁府，到了至元十六年至元十六年（公元1279年）升济宁府为济宁路，设立济宁路总管府。
明朝的兖州府
明朝取代元朝之后，明太祖吴元年（公元1367年）废元朝济宁路为济宁府，随后又陆续划入曹州、东平路一部分和益都路东南部，到洪武十七年（公元1384年），济宁府有12直辖县：任城县、郓城县、巨野县、滕县、峄县、金乡县、鱼台县、单县、嘉祥县、城武县、曹县、定陶县；2州：兖州、东平州；9个州辖县：分别是兖州的曲阜县、宁阳县、邹县、泗水县，东平州的汶上县、东阿县、平阴县、阳谷县、寿张县。
从上述情况可以看出，直到明朝洪武十七年，济宁依然是府，并且管辖着兖州，那么为何会发生兖州成为了兖州府，济宁却成为了济宁州，并且兖州府管辖起了济宁州了呢？
清朝乾隆年间的《兖州府志》的府城，可见城内有“王城”
这个变化是因为皇帝朱元璋所封的第十子鲁王朱檀，到洪武十八年已满十五岁，到兖州就藩所致。王子就藩地要升为府，兖州就成为了兖州府，兖州府治也迁到了兖州。而原府治所在地济宁则降为了济宁州，府州的变化也引起所辖县的变化。
兖州改府之后，有11个直辖县：滋阳县（附郭）、曲阜县、宁阳县、邹县、泗水县、滕县、峄县、金乡县、鱼台县、单县、城武县；4州：济宁州、曹州、沂州、东平州；12个州辖县：曹州的曹县、定陶县，沂州的郯城县、费县，东平州的汶上县、东阿县、平阴县、阳谷县、寿张县，济宁州的郓城县、巨野县、嘉祥县。
清朝乾隆《兖州府志》中的兖州府舆图
这样的变化不仅导致了府州属县的大调整，而且兖州和济宁的“身份”也进行了“互换”，其管辖关系彻底颠倒，哪怕是济宁在明朝时因为运河而兴盛，其重要性要高于兖州，但因为鲁藩在兖州，其政治上的地位仍还没有发生转变。虽然清朝雍正之后济宁被设为直隶于省的直隶州，但政治上的地位也还是低于府。
