不过，流亡到爪哇中部的扶南太子建立了夏莲特拉王国，他与继承人们都时刻准备反攻回老家。8世纪以后，真腊分裂为北方的陆真腊和南方的水真腊，这给了夏莲特拉王国以机会。8世纪末，夏莲特拉王国发兵攻打水真腊，俘虏并囚禁了水真腊国王阇耶跋摩二世，同时也使陆真腊成为其属国。
可是不知道夏莲特拉国王怎么想的，可能是因为信奉了佛教，慈悲心发作，居然把阇耶跋摩二世放回国即位，让其成为自己的属国。802年，阇耶跋摩二世统一了水陆真腊，宣布真腊重新独立，并建立了一个中央集权制国家，兴建新都城吴哥。虽然他并没有真正定都吴哥，但真腊后来定都于吴哥，故其所建立的王朝又称吴哥王朝，但国名仍然为“真腊”。
吴哥王朝建立后励精图治，并开始对外扩张，10世纪初成为与唐朝接壤的大国。到11世纪时，吴哥王朝的势力延伸到湄南河流域和克拉地峡一带。到12世纪苏利耶跋摩二世在位时，真腊王国的版图达到巅峰，包括了今天的柬埔寨全部、老挝、泰国大部以及缅甸东南部、越南西南部，再次成为半岛的霸主，也是东南亚历史上最为强盛的国家。
因此，这个时期的真腊王国也被称为“高棉吴哥帝国”。真腊王国以印度教湿婆派为国教，著名的吴哥窟就是在这个时候修建的。
