5号线全线运营时间为5:42~23:14，其中：莘庄站往奉贤新城站方向首班车5:50，末班车22:30；奉贤新城站往莘庄站方向首班车5:42，末班车22:00。（5号线各站点首末班车时间详见上图）。
● 5号线开行Y形交路：主线段6编组、支线段4编组列车开行
根据线路结构，5号线南延伸开通试运营后，5号线开行Y形交路。其中，莘庄站—奉贤新城站为5号线主线段，由6节编组列车载客；东川路站—闵行开发区站为5号线支线段，由4节编组列车载客。
5号线主线段工作日早晚高峰时段开行大小交路，其中大交路为：莘庄站——奉贤新城站；小交路为：莘庄站——萧塘站。工作日平峰时段及双休/节假日开行莘庄站——奉贤新城站单一交路。5号线支线段开行东川路站~闵行开发区站单一交路。
● 在5号线主、支线互换的乘客需在东川路站换乘
乘坐5号线在主、支线互换的乘客需在东川路站进行4、6节编组列车换乘。由莘庄前往闵行开发区方向的乘客，需在东川路站下车后同站台换乘4节编组列车；而由闵行开发区前往莘庄方向的乘客，需在东川路站下车，下楼至站厅层，根据站内导向至对面站台换乘6节编组列车。
● 5号线列车最短运行间隔约4分钟
