原种是由该母种转接到培养基上，在适宜的培养条件 下，形成菌丝体纯培养物与培养基的混合体，也称二级 种。常以玻璃瓶、塑料瓶、聚丙烯塑料袋为容器。
原种培养基：杂木屑８０％、新鲜大中皮麦麸或细米 糠１８％、糖 （蔗糖或绵白糖）１％、石膏粉１％。先将木屑、麦 麸、 石 膏 粉 混 匀， 然 后 加 入 糖 水。 含 水 率 为 ４８％～５０％。如果主料以棉籽皮为主料，其含水率应提高 到５０％ ～５５％。ｐＨ 值 ６５～７０。将 上 述 所 有 培 养 料， 按常规顺序加入，充分搅拌、混匀，闷料３～４ｈ，立即装 瓶至３／４处，装入标准培养瓶中后，料面中央打深穴，擦 净瓶 口，封 盖，高 压 ０１５ＭＰａ 灭 菌 １５～２０ｈ。２６～ ２７℃下暗培养，２０～２５ｄ菌丝体满瓶。污染率不得超过 ３％～５％，一般２５～３０ｄ内用完，否则低温保存。
用棉籽皮制原种经济，与下级栽培种的营养接近，在 栽培种上菌种萌发迟缓期短，定植较早。但接种费工费 时，接栽培种的数量也少。木屑制备原种既要注意水分的 控制，又要注意氮素的添加量，更要注意物理性状，即透 气性、保水性，其优点是保质时间相对较长，而且经济。 接种后，萌发点虽多，但菌丝生长迟缓期长，长势慢，不 易尽快封料面。总之，应选那些营养适中，两级菌种之间 营养差距不太大、透气性及保水性好的培养基。
灭菌待冷却到３７℃左右接种。先将原种瓶移入接种 室，进行室内消毒，然后在超净台上或接种箱内，两人配 合接种。如果是试管斜面母种，可按１∶（３～４）接原种。 如果是芽胞 （用孢子分离获得的银耳芽胞木种）木屑培养 基母种，可按１∶（４０～５０）的比例接种。特别要注意的 是，需将菌种瓶内的菌种上下混匀 （香灰菌一般长得快， 在瓶子的下部）再接种。 接种时，还应把试管原接种点的区域刮掉后再接种。
接种的菌种块，要尽量放到培养基表面的中央或洞穴中， 这有利于菌丝提早封料面，减少污染。接种过程应始终不 得离开酒精灯创造的无菌区，而且接种越迅速越好。接种 后１～２ｄ观察有无细菌、霉菌等污染，如根霉、黄曲霉、 链孢霉、毛霉、酵母菌等。制种的原则是培养基一定要灭 菌彻底。每批原种一般不得高于４％的污染率，否则必须 将这批原种倒出、晒干、重新灭菌。重新灭菌的原种接种 后长势非常慢。为使原种长得快而健壮，待菌丝封料面 后，可在菌种瓶口的盖膜上扎１５～２０个微孔通气。扎孔 前，一定要室内灭菌一次。扎孔后，立即用无菌纸盖上， 防止杂菌落入而造成二次污染。２５℃条件下，５００ｍｌ的瓶 １３～１５ｄ菌丝体可满瓶。７５０ｍｌ的瓶，１５～１８ｄ满瓶。待 菌丝复壮３～５ｄ后再接栽培种为宜。没有百分之百的把 握，不得摇 瓶 培 养。若 使 用 液 体 菌 种，一 般 每 １５ｍｌ接 一瓶。
银耳原种的发菌，总的原则是４个条件：暗培养，空 气相对湿度较小、洁净，适宜的温度，常通风换气。在发 菌的前３～５ｄ室温控制在２６～２７℃，使其菌丝快速度过 迟缓期，达到早萌发早定植的目的。待菌丝菌落达 ３～ ５ｃｍ 后，将室温调至２３～２５℃培养，并注意常通风换气， 保持空气相对湿度在 ６５％ 左右。时常检查是否有杂菌。 将带有杂菌或菌丝体长势弱的培养瓶及时清出，及时处 理。大约 １５ｄ后，将温度调至 ２０～２３℃ 继续 培 养 ２０～ ２５ｄ，菌丝体满瓶，方可使用。此时，可见菌体上出现黄色水珠的菌丝细胞自溶现象。
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