自20世纪80年代以来，相继有专家和学者对东江流域的鱼类资源进行调查或资料整理，显示东江流域共出现鱼类260余种（不排除有一些偶尔出现的物种）。据2017年的调查报告显示，东江流域(包括广东和江西两省的水域)的主要干流、一级支流、类18.48.140属209种，包括淡水鱼类及河口区鱼类。
近年来随着社会与经济的发展，东江流域水环境不断恶化，水体不断受到工业污水的污染，渔业资源无论数量还是多样性均呈明显衰减趋势。
以东江东莞段为例，据东莞海洋与渔业局调查发现，近30年时间，在东江东莞段，就有2目10科5 6种土著鱼类消失，减少37 .1%，生物多样性下降。而外来入侵鱼类增多3目6科11种，从原先占有比例的2 .6 %增至14%。
东江的鱼情“春天起来鱼上竿，渔民阿哥工作忙，今日打鱼大着进（收获）了，朝朝晚晚上市场，有钱下袋了……”这一首汝湖镇的淡水渔歌（名为《汝湖渔歌》），很好地形容了打渔的情景。
据记载，在上世纪80年代，渔民在东江打鱼，年捕获量可以达到400吨，这个产量不包括江西段渔民捕获量。那时鲢鳙、青点、草鱼、鲤鱼、土鲮等，个头都大，一网几百斤鱼。
可是，由于工业废水和生活污水的增加，得不到及时的处理，和挖沙、滥捕等现象的存在，再加上东江里的大坝建设，阻断了鲥鱼、花鰶、花鳗鲡这些洄游鱼类的洄游线路，让这些鱼绝迹于东江。这些因素造成了东江渔业资源的直接减少，使得渔业资源逐渐衰竭，渔民的捕获量直线下降，变成每年捕获量才几十吨。
但是，由于近几年来通过增殖放流，渔民重新规范化捕鱼，再加上实行禁渔期，使得鱼类资源得到很好的恢复。特别是大鱼逐渐增多，经常被人钓起。
东江的钓鱼记录东江在钓鱼界最轰动的事件，就是去年底邓岗大师连续在东江钓起百斤大青鱼，引起巨大的争论，有炒作之说（即钓鱼作敝），有水底围网钓鱼啊；潜水挂鱼啊；有鱼打麻药之说；也有坚持实钓之说。总之五花八门，在网上闹得鸡犬不宁，争论不休。
