草缸底砂选择圆润的颗粒状，在不发生板结的情况下，具有大量的空隙和表面积，为硝化细菌的附着生长提供了优质的厌氧环境，是生化过滤系统的有效补充。
但同时也要注意的是，如果清理不及时，鱼类的代谢物过分在底床堆积，可能造成底床过度发酵，产生硫化氢等有害物质，对整个水体及水族生物形成一定的风险和弊端。
另外市面上流行的底砂过滤系统、底床加温线、活性能源砂等，并不建议草缸使用，操作不当会造成肥力流失或损伤植物根系。
水草根系在基床中吸收养分的过程是不容忽视的。尤其是根系发达的植物，如丛生类水草、球茎睡莲类水草，和莫斯、鹿角苔等不同，它们通过叶片吸收的液肥很有限，必须通过底床基质吸收必要的养分。
如果选用水草底砂，则可以在开缸时，在底砂最下层均匀少量的铺设优质基肥，以供水草生长；如果是选用水草底泥，则无需再铺设基肥。目前市面上常见的水草底泥配方中所含的营养物质已经完全能够提供水草生长必须的元素，如果再铺设基肥，则会造成水体肥力过剩，轻则爆藻，重则整缸崩溃。
还是要根据水体环境和养殖的水草种类来进行选择：
如果生活地区水质偏硬，如我国北方大部分地区，那么首先建议选择具有软化水质作用的水草底泥。在水草养殖过程中，水质软化带来的作用比任何操作都立竿见影，可以让玩草的道路轻松很多。
如果养殖的水草是以生长缓慢的水草为主，比如铁皇冠、小水榕、大水榕等；或者对水草基质要求不高的入门级水草，如普通椒草、温蒂椒草、大水兰、蜈蚣草等等，可以选择砂质底床，如黑金砂、陶粒砂、荷兰矽砂等。
这类砂质的底砂使用起来方便打理，非常清洁，便于日常维护。其中黑金砂颜色漂亮，尤其是在色温超过6500K的光源照射下，与绿色水草交相辉映、相得益彰，视觉效果极其出众；而陶粒砂性状稳定、价格便宜、空隙较多，是水族微生物生长的良性载体，这些都是极好的选择。
