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一、有毒物质毒害影响。
田间使用过多有机肥料或温度低排水差秧田，由于肥料在低温缺氧条件下腐烂分解时，产生硫化氢、有机酸等还原性有毒物质，或土壤烂泥田等影响，土壤中硫化氢等有毒物质残存多导致毒害，根系发黑，严重时根系腐烂枯死。
二、水稻烂秧引起。
秧苗生长期间频繁遭遇低温影响时，土壤弱寄生菌或腐生菌就会为害根系，影响秧苗吸水吸肥功能，造成水稻烂秧发生，进而田间出现秧苗青枯或黄枯死苗现象。
三、根腐病为害。
土壤透气性不好，或水层较深时一般也容易引起根腐病为害，造成根系发褐腐烂。
四、药害或肥害影响。
除草剂使用不当，或肥料使用不当等，造成药害或肥害影响的，有时也会引起根腐烂等症状。
预防措施：选用适宜当地栽培品种，适期播种，不使用过多有机肥，或未充分腐熟肥料，注意栽插不宜过深，田间保持浅水，不宜长期深水，同时加强管理，测土配方施肥，培育健壮植株，科学合理使用除草剂等，培育健壮植株，增强抗逆性抗病性，可以预防减少发生。
治理措施：有毒物质毒害引起田块宜及时排水晾田，并结合叶面喷施碧护或芸苔素加美洲星加磷酸二氢钾加安泰生环境改善控制，造成秧苗过稀的及时进行补栽。
对烂秧引起田块宜及时选用25%甲霜灵800倍液，或敌克松或甲霜福等药剂加昂立帮或保禾丰喷施，对根腐病为害田块宜及时排水晾田，并结合选用甲霜福或恶霉福等加安泰生加磷酸二氢钾喷施。
对药害或肥害影响导致根系腐烂的，宜及时上水并换水2-3次，降低田间药剂或肥料浓度，结合喷施碧护或芸苔素加美洲星缓解控制较好，对普遍发生根系腐烂死苗田块，则宜及时改种或补种为宜。
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