MS-06R-1M
高机动型扎古2
ZAKU II HIGH MOBILITY TYPE
MOBILE SUIT OF ZEON
该机型主要是为基西莉亚·扎比少将麾下所属的突击机动军海军陆战队等部队制造的机体，是由部分MS-06R-1高机动型扎古Ⅱ及MS-06R-1A高机动型扎古Ⅱ改修而来，卸除了部分装甲以追求机体的轻量化，总计约生产了28架。
MS-06R-2
试制高机动型扎古2
ZAKU II HIGH MOBILITY TYPE
MOBILE SUIT OF ZEON
该机型是在MS-06R-1A高机动型扎古ⅡA型的基础上强化了脚部装甲，驾驶舱内部管理方式也进行了变更，机体变得更轻，推进剂的储量也得到了增加。
由于在次世代主力机的竞争时输给了MS-09R大魔，因此只生产了4架后计划就终止了。毕竟扎古型机体的性能已达到了极限，核熔炉的限制决定了该型机根本无法使用光束武器，因此该型机的失败并不出人意料。但该型机的推进剂槽等相关问题、推进器的装甲防御等设计构想为以后MS-14S指挥官用型勇士的设计提供了参考。
而已经制造出来的四机，其中三台分别被分配给了乔尼·莱登、贾比·哈萨德和罗伯特·基里亚姆。第四台则由艾略特·雷姆试驾，最终发展成MS-06R-3S高机动型扎古Ⅱ。但在游戏《吉翁的精神》中，第四台则由库尔特·罗斯韦尔驾驶。
#MS-06R-2
全弹扎古
FULL BULLET ZAKU
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当乔尼·莱登的MS-14B高机动型勇士在阿·巴瓦·库战役中严重损坏后，他原本的那台MS-06R-2高机动型扎古Ⅱ在一个被称为“B计划”的项目下进行升级强化，大幅度强化了推进器、装甲及武装，强化后的该机被称为“全弹扎古（Full Bullet Zaku）”，也正是凭着这台MS，乔尼·莱登击落了FA-78-1全装甲高达。
MS-06R-2P
试制高机动型扎古
ZAKU II HIGH MOBILITY TEST TYPE
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为了与兹玛德公司设计的MS-09R大魔争夺次期主力MS的资格，吉翁尼克公司的技术人员以MS-06R-1A高机动型扎古Ⅱ为基础设计出了MS-06R-2P 试制高机动型扎古Ⅱ（ZakuⅡ High Mobility Test Type）。
试制高机动型扎古Ⅱ依然继承了扎古Ⅱ为基础的外观和固定框架，同时，吉翁尼克公司调动了大量核心精英，甚至招回早已独立负责“培曾计划”的“扎古之父”艾略特·雷姆、高级技师塞·维诺在内的公司核心，并由艾略特·雷姆亲自担任测试机师。其设计最大特征是以光束兵器的运用为前提，运用了新型的反应器和强大的冷却系统，但就在此时核融合炉的出力出现了问题，只好放弃了这个构想，改设计成新型的MS-06R-2高机动型扎古Ⅱ。
MS-06R-2S
扎古后期生产型多兹鲁·扎比专用机
ZAKU II LATE PRODUCTION TYPE DOZLE ZABI CUSTOM
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该机型是在MS-06R-2高机动型扎古Ⅱ的基础上专为多兹鲁·扎比设计制造的机型，机体涂装以乌黑色为主，机体的开发理念为反舰型MS，拥有与地球联邦军的太空舰队对抗的性能，机体的胸部安装有一门大功率的MEGA粒子炮，而为了支持这门粒子炮的能源，机体通过连接与背后的背包形成R-2S模式，被称为“能源备份用护送单元”。
目前并不清楚多兹鲁有没有实际操作过该机进行实战，但多兹鲁在所罗门攻防战阵亡后，该机的数据被一艘格瓦金级战列舰回收。
MS-06R-3S
高机动扎古2
ZAKU II HIGH MOBILITY TYPE
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0079年10月，在战局不利的情况下，吉翁军方决定推出新的次世代MS竞标计划，而吉翁尼克公司在此前就率先提出“YMS-14”联合研发MS方案，并指示“扎古之父”艾略特·雷姆中校以MS-06R-2高机动型扎古Ⅱ为素体，开发名为MS-06R-3S高机动型扎古Ⅱ（High Mobility Type Zaku）的验证机开发计划。
开发计划于月面格拉纳达MS工厂进行，研发人员运用MS-06R-2P试制高机动型扎古Ⅱ的反馈数据对机体进行结构性改造，并将吉翁尼克的次世代MS开发计划的技术验证机MS-11机动扎古作为改造用配件运用在机体上。
机体的头部框架以MS-06R-2的头部为基础，传感器参考了MS-09大魔系列十字式传感器结构，研制出新型三次元运动传感器进行广域探测，安装的新型探测器的探测半径达到6000m以上，为当时公国MS级雷达最高。同时头部后方装设激光通讯机为了提高散热效能采用了冠状设计。
机身方面参考联邦军高达型MS模块化设计思路，装甲为分离式中空装甲，胸部装甲改为机动扎古的强化型胸装甲，驾驶舱舱门从传统的胸侧进入设计改为胸下方的进入设计。腰部采用兹玛德公司的制御喷口式裙甲，散热系统也进行了紧凑化设计。手臂前腕预留内置武装空间，背部动力背包也改为可以挂载武器的通用挂架，可携带更多武器。
动力方面则对MS-06R-2的米诺夫斯基粒子融合炉进行性能优化，功率提升至1390kW，保证光束武器的运用。推进系统改为模块化分置推力设计，四肢分别装置一台热核喷射发动机，通过导向机体各组推进器及喷嘴提供动力，达到不需要推进背包就能作高速运动的效果。
武器方面，吉翁尼克委托M.I.P公司进行研制，研发出使用MIP规格的E-CAP光束步枪，在初步数据分析下与联邦军高达型MS的光束步枪拥有同级的破坏力。但由于近战光束武器的开发受阻，该型机依然使用实体热能剑作为近战武器，头部两侧则安装有50mm火神炮。
为了进一步测试光束步枪性能，该型机在两艘姆赛级巡洋舰护卫下到达指定宙域进行模拟战。但在测试期间遭遇联邦军战舰，在遭遇战中同行的两台扎古僚机及一艘巡洋舰均被击毁。但该机在机师托马斯·迈尔中士的英勇作战下，最终成功击退联邦军战舰并保住了另一艘巡洋舰。在这次作战后吉翁尼克对除了等到了光束步枪性能数据外，同时也发现了机体因大幅度改造所产生的结构性缺陷。此后吉翁尼克开发部使用MS-06R-3的反馈数据对YMS-14进行再设计。
（看见头冠啦！
