沿大宝寺闭关院中轴线下来是善慧大雄宝殿。以黄教创始人宗喀巴大师法号善慧命名的---善慧大雄宝殿于2009年7月14日佛欢喜日开始动工，2010年底主体竣工，2012年6月18日开光的善慧大雄宝殿。大殿内供奉的是格鲁派创始人宗喀巴大师及两位高足贾曹杰和克主杰的三尊坐像。与宗喀巴大师倚背而立的是一尊千手千眼大悲观世音菩萨的圣像。大殿的左边是一尊觉沃佛金像，庄严的觉沃佛是释迦牟尼佛十二岁等身像，释迦牟尼佛是贤劫千佛中的第四尊佛。
步出大殿,印入眼帘的是沿中轴线下来的雄伟的正觉宝塔。于2010年7月20日奠基，目前还在修建当中, 将于 竣工的正觉宝塔，层高66.6米。初见时，山间暮然的震撼,缘于他的外形似印度菩提迦叶的正觉宝塔，为佛祖的舍利塔。
位于善慧大雄宝殿西面的是---三学讲堂。一栋明黄色外观的建筑,高四层。建筑外观是代表格鲁派宗门的黄色标志外墙。进入大堂，一楼是可容纳千人过堂的五观堂。二楼，三楼是僧寮。四楼是南北向的三个经堂，用来平时早晚课念诵和修法。
环绕寺院红墙四周的一百零八座金色的菩提塔，是由四众弟子们各个发心建造的，由寺院统一装藏贴金。供养在寺院的院墙上。每一座佛塔都代表了汉语系格鲁派的教法兴起和传承。
