“将军委员会”是谋事不密，而翁东中校则是谋事不周。翁东中校行动前不是向苏加诺汇报，而是几次向当时掌握强大的陆军战略预备队兵权的苏哈托将军汇报，希望能得到苏哈托的声援和支持。
苏哈托不仅是一个野心家，而且心狠手辣，两面三刀。苏哈托一直按兵不动，静观其变，等到翁东中校得手后，并向外宣称“9·30运动”由他主导的时候，苏哈托出手了，他随后宣称“9·30运动”是一次“暴力军事政变”，是由印尼共产党密谋策划，翁东负责具体实施。
苏哈托这样反戈一击，反而得到陆军上下的一致拥护，并推举他为“反击行动”的领头人。苏哈托迅速行动，首先逮捕处决了翁东，总统苏加诺彻底变成了孤家寡人，纵然有印尼共产党人的支持，但是几百万印尼共产党没有一枪一弹，只能沦为任人宰割的羔羊。
苏加诺曾希望与苏哈托举行谈话，希望能够通过政治手段解决这场政治危机。苏哈托大权在握，干脆来了个“挟天子以令诸侯”，强迫苏加诺任命他为负责恢复治安和公共秩序的部长和陆军司令，开始了血腥反击。
苏哈托先是率人攻占了哈林空军军事基地，端掉了总统苏加诺的最后一块根据地，让苏加诺彻底沦为傀儡。然后，苏哈托进一步向美国靠拢，苏哈托反击前，美国人就介入了印尼的内争，扮演了十分不光彩的角色。
政变发生仅四天之后，美国当时驻印尼大使马歇尔·格林就表示希望（印尼）军方能够利用1965年9月30日六名将军被*的机会，指控印尼共产党阴谋夺权并控制印尼。尽管格林并不确定印尼共产党是否参与了事件，但他于1965年10月5日发给华盛顿的电报中，仍强调军队必须行动果敢。
在10月15日另一份要求转呈美国情报机构的电文中，格林强调需要进一步进行反共宣传:"在所有媒体，通过不断重复的事实，将目前这场恐怖事件和悲剧同北京及其共产主义思想联系起来;将绑架并*害高级将领的手法同北越在南越村庄中*害村长的事件联系起来。"
因为苏加诺亲苏，为了斗争需要，苏哈托干脆就选择亲美，得到美国支持的苏哈托像疯狗一样开始“咬人”。一边逼迫苏加诺下令解散了印尼共产党，一边开始展开大规模的屠*。为了转嫁内部社会矛盾，苏哈托将祸水东引到了华人身上。
印尼军方一边让与军队有联系的穆斯林青年组织四处搜寻并屠*共产党青年组织的*，他们还开始在棉兰和其它北苏门答腊城市袭击华人中的印尼共产党人，这些狂热分子的行为与侵华日军的“三光扫荡”如出一辙，所过之处，华人和印尼共产党人皆被屠戮，房屋、商店、财产全被焚毁和劫掠，受害者的头颅被割下挂在街道两旁。
印尼军方一边诬称有9名大雅族(印尼高山原住民)长老被华人所*，挑拨大雅人对华人的仇视。野蛮的大雅人在华人门前放置盛有狗血或者鸡血的红碗，同族的达雅人见到后，便会对这家华人进行血洗报复。
在印尼，有一个让人骇人的土著族，他们就是达雅族，这个土著有一个猎*仇人头颅的传统习俗，他们觉得猎取敌人的头颅是一种勇敢的行为，如果被他们视为仇人，那必然需要“血债血偿”。
更可恨的是，印尼平时维护治安的警察、黑帮，甚至军队也眼红暴徒们趁火打劫的“非法所得”，他们也摇身一变，混入暴徒队伍，展开血腥疯狂的*戮。他们像宰*牛羊一样随意，华人的头颅被砍下挂在大街小巷，任其腐烂发臭，到处充满了血腥味。
印尼政府则纵容暴徒们的行为，甚至暗中提供武器装备和资金支持，并鼓动媒体宣传，煽动暴徒们对华人充满仇恨。在这样的氛围下，印尼的暴徒们在屠*华人的过程中，寻找刺激和快感，有一名叫安瓦尔的暴徒一个人就*死了高达1000个华人，并为此充满自豪，到处炫耀自己的“丰功伟绩”。
