《合金弹头6》中只有那么五关，因此我们只能遇到五只最终BOSS。
你知道后面三只BOSS的来历吗？
虽然游戏的背景是以对抗金星人（原名叫：入侵者）而展开的，但是在前面几关，我们遇到的BOSS都是摩登和火星人的杰作，一直到了最后一关人类才选择和火星人合作的。
大脑机器人，这虽然是火星人的科技成功，但是制造出这个怪物的人却是博士。
海蛇，出现在四关，要是我们选择简单模式的话，它就是最终BOSS。只有在困难模式下才能去地底探险。海蛇有很多绰号：蜈蚣长老、大海虫
海蛇，并非是火星人的杰作，也不是入侵者的种类，而是生活在地球深海的远古生物，生物学家认为这只巨大生物是一种古老的节肢动物。
摩登这边悄悄打捞“火星之根”，动静太大唤醒了这玩意儿。
虽然之前做好了准备工作，但各种设施根本不堪一击。摩登的打捞设备“Big Shiee”直接被海蛇打得支离破碎。
苏醒的海蛇在海面上疯狂袭击，最终只能由正规军来善后。
