本作系统上最大的变更，就是招式的特攻物攻分类不再与招式的属性匹配，这一变更为妖怪的培养及配招的影响可谓巨大，一些攻击值高的妖怪也能使用本系的物理攻击技能来享受攻击加成1.1倍的待遇，一些原本不被重视的技能也因此在本作炙手可热起来，如原本纯粹作为地图技能的攀瀑，由于本作中算作物理攻击，因此可以大量地应用到高攻击力的水系妖怪的配招中。用新的变化不断带给玩家新的探索，也正是"《口袋妖怪》系列"长久雄踞销量榜首的原因之一。
而系统的一大重点通信，在本作也由于支持WIFI而大大开阔了玩家们的通信范围，当然，上网就会遭遇网络不稳定的事情，有时连续几次重复地进进出出通信房间也挺让人郁闷的。和GBA前作通信也是本作的一大创举，单方向传送以去狩猎场捕捉精灵的方式诠释，丝毫不显得突兀。
其他的如选美大赛、地下世界，也无不让人为之着迷，而每周五出现的气球口袋妖怪、早晨通往224道路山润水潭中出现的乘龙等事件，无一不体现了厂商在游戏各个细节上的用心。
剧情、画面、音乐，熟悉的配方熟悉的味道
本作的一周目剧情和以往作品基本一致，不过二周目增加的一些剧情还是很不错的，如鬼屋和豪宅的神秘关系、冰封洞穴中沉睡的圣柱王、船长女儿噩梦事件、梦游新月岛......这些都会给人留下深刻的印象。画面因为进化成3D，所以游戏世界的立体感非常强，当开启搏捉最终神兽阿尔宙斯时，从神兽祭坛走上长长的天梯，更有气势非凡的感觉。"《口袋妖怪》系列"每作都不乏动听的音乐，本作亦不例外，港口城市美央市的钢琴曲、鬼屋中诡异的背景音乐等都完好地烘托出了游戏的气氛。
比起这几年新出的游戏，似乎很多粉丝和我一样，都更加偏爱早期的口袋妖怪，不知道有多少人和我一样，只能记住到编号386代欧奇西斯为止的设定......也许这就是年龄的变化吧，老了，记不住太多角色的名字......（喂！）不过话说回来，当年本人也是抱着试试看的心态玩的《钻石·珍珠》，结果玩了一会就再次沉迷了（真香），不得不说这个系列的魅力是真的强，出一作买一作就对了！
