清咸丰以来爆发的太平天国战争，主战场就是安徽和江苏省的长江沿岸地区，安庆是双方重点争夺之地。1860年至1861年，湘军围困了被称为金陵（南京）门户的安庆，战略意图非常明显。太平军为了救安庆，陈玉成、李秀成、黄文金等名将以五路汇集安庆。以这场战役的惨烈程度，虽然是湘军获胜，但安庆数百年来的经济繁华却被打掉了。太平军于1853年攻克安庆后，清廷就把安徽省会迁到了合肥，清军攻陷安庆后，曾国藩等人又建议把省会从合肥迁回安庆。理由是如果定在合肥，则皖南等地鞭长莫及，长江防线无险可守。
安庆又成了安徽省会，但一座名城打烂了再重建谈何容易？再加上近代以来铁路的兴起，水运的优势被削弱了。
抗战胜利后，合肥再次取代安庆成为安徽省会。三年后的1948年，安徽省会再次回到安庆，然后是芜湖、屯溪。1952年，合肥再次成为安徽省会，安庆从此失去了省会地位，存在感当然就不如合肥了。
