1、增加第32条，“国务院环境保护主管部门应当会同国务院卫生主管部门，根据对公众健康和生态环境的危害和影响程度，公布有毒有害水污染物名录，实行风险管理。排放前款规定名录中所列有毒有害水污染物的企事业单位和其他生产经营者，应当对排污口和周边环境进行监测，评估环境风险，排查环境安全隐患，并公开有毒有害水污染物信息，采取有效措施防范环境风险。”
2、第40条增加两款内容，“化学品生产企业以及工业集聚区、矿山开采区、尾矿库、危险废物处置场、垃圾填埋场等的运营、管理单位，应当采取防渗漏等措施，建设地下水水质监测井进行监测，防止地下水污染。加油站等的地下油罐应当使用双层罐或者采取建造防渗池等其他有效措施，进行防渗漏监测，防止地下水污染。”
3、增加第45条内容，进一步加强对企业排放工业废水的治理和对工业集聚区污水集中处理的管理。
加强城镇污水污染防治：
原法中明确规定了城镇污水应当集中处理，污水集中处理设施的运营单位应当对处理设施的出水水质负责，生态环境部门应当对处理设施的出水水质和水量进行监督检查。新法做了两处修改：
1、修改第49条，明确污水处理费可以用作污泥处理处置。
2、增加第51条，“城镇污水集中处理设施的运营单位或者污泥处理处置单位应当安全处理处置污泥，保证处理处置后的污染符合国家标准，并对污泥的去向等进行记录。”
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