其中一具尸体上出现了两个很细小的弹孔，经过比对实验后，发现这个圆孔并不是正规枪械所造成的击*。
围绕着这起案件，主要有以下几个疑问:
- 经过多年的搜查，卧龙山上基本被翻遍了，为何11年后才终于找到这五位孩子的尸体？
- 孩子头骨上的子弹穿孔和钝器击打明显是人为造成的，究竟是谁对孩子下的毒手？
- 尸体掩埋处距离孩子们的学校只有几百米，旁边还有一个村庄，里面有五户居民，如果是他*，凶手是如何将尸体在人不知鬼不觉的情况下埋藏在这里？
- 附近散落的十几颗弹壳究竟与孩子的死有没有直接的关联？
围绕着这些疑点，很多人给出了不同的破案思路，主要用以下几种说法
1、低温冻死说
警方给出了自己的猜测，孩子很有可能是在抓火蜥蜴的过程中迷路了，因为天气太冷，孩子们当时抱在一起相互取暖，很快他们就被冻死了，之后尸体发生了滑坡，就被掩埋在此处。
这种说法遭到孩子家长的一致否认，首先当天虽然下了小雨，但是气温并不是很低，而且孩子对当地的情况十分熟悉，离村庄不到三里地，怎么会因气温过低而冻死了？这种说法也无法解释孩子父母当天晚上为何没有找到孩子，而且孩子衣服和摆放的姿势都明显指向是他*，孩子冻死这一结论，显然无法说服众人。
2、军方击毙说
孩子们在玩耍的过程中很有可能发现了弹头和弹壳，于是他们由抓火蜥蜴改为捡弹壳，一不小心闯入到后山腰的军事驻地，当时韩国陆军第5师团曾在卧龙山上有一处实弹射击基地，很有可能几名孩子被不小心击中。
不过韩国军队方面马上否认了这种说法，他们出示了3月26日的训练记录，并没有打靶训练的项目。为了证实这种说法，专业小组又对现场和尸体进行了进一步的检查，经过专家鉴定发现弹片规格与韩国军方现在使用的任何一种枪械的子弹都不相同，而且正常枪械的子弹威力很大，不会只造成一个很小的伤口，而且根据伤口和子弹的形状和角度可以判断凶手使用的是一把自制的土枪或猎枪。
3、偷猎者所为说
排除了上述的可能性后，犯罪嫌疑人被推断为来自山中的偷猎者，那名神秘的报案人很有可能就是这名凶手或者与案犯相识。只可惜警察在寻找过周围居民后并没有发现猎人的踪影，也没有找到神秘的报案人，这条线索由此中断。
4、熟人作案说
还有一种可能就是孩子们与凶手相识，也就是他们被熟人所*，当孩子的父母报警时，孩子们可能还没有死，只是被熟人带到了其他地方，当熟人作案将其*死之后，将其尸体带到了卧龙山进行掩埋。
根据这种猜想，警方全面调查了5位家长的社会关系，得出的结果是他们没有任何的仇人，不可能存在仇*的可能，而且孩子们失踪之后，卧龙山始终都属于搜查的中心地区，如果凶手过来埋藏的话，很容易被其他人发现。
那么究竟是何人对5名孩子痛下*手？当时还有一种说法就是精神异常者不小心错手*死了一名孩子，因为怕其他孩子报警，所以*死一个孩子之后将其他几人一并*死，但因为这种说法太过空泛，也没有任何的线索可以帮助破案，所以只能是一种猜想。
在发现孩子的尸体之后，加剧了孩子家长心中的痛苦，他们于是决定起诉警方，认为在1991年的时候警方搜查时救助不及时，存在重大漏洞。
而警方在面对记者的质询时也十分地抱歉，他们说“这么多年都没有抓住罪犯，没有揭开孩子冤魂的真相，实在是太对不起他们”。
2004年3月26日，孩子的遗体告别仪式在庆北大医院太平间举行，孩子的父母在举行遗体告别时痛哭流涕，5名孩子的尸骸被黄花装点的三辆车运到了他们的母校，学校里1800多名学生庄重的绕行操场一周，以纪念他们的学长。
此后五位孩子家长又去了一趟卧龙山，追忆10多年来的不甘与委屈，最后孩子们的尸骸在大邱市立火葬场火葬后，由其家人将骨灰撒入了洛东江。
在韩国，命案诉讼的有效时间是15年，也就是说到2006年还抓不到凶手时，那么凶手即使在其后抓到也无法进行审判。
尽管孩子们的父母声称一定要抓住凶手，让他血债血偿，可是直到2006年3月25日，却丝毫没有任何关于凶手的线索，而诉讼期到期后，罪犯也便逃脱了法律的制裁。
韩国青蛙少年失踪案在社会引起了巨大的争议，其社会影响力至今依然存在，韩国也拍摄了多部电影，比如《回家吧，青蛙少年》和《孩子们》，这些电影再现了孩子失踪的种种细节，让全国人民了解了更多轰动全国的青蛙少年失踪案的详细过程。
这起案件留下了诸多疑团，凶手的起因动机是什么？为何当天没有找到孩子的尸体，又在11年后出现在众人面前？那名神秘的报案人与凶手究竟是什么关系？孩子们为何会被捆绑起来，弹孔和面部击打有何联系？孩子们何时死亡的？
在五位尸体上面压着的那块大石头似乎压着的是人们心中对正义和真相的追寻，不知道随着法医技术的提升，未来是否能揭开这个悬案呢？
不知道大家对于这起案件有什么自己的想法和观点呢？
