盆栽菠萝蜜需要及时进行修剪，主要是尽早抹掉树冠内和树干上新萌发出来的枣头，这样可以提高植株内部的通风透光性，增加受光面积，促进光合作用，让植株长势更加旺盛。这同时也对后期开花结果创造良好的基础条件。
而为了促进花果形成，花前要及时对结果的盆栽菠萝蜜树的枣头全部抹除掉，当然主枝延长头需要保留，这样可以让养分更加集中，从而促进开花结果和幼果的生长发育。但通过采取摘心的方式来控制枝条的生长，时间的选择要恰当，一般可以延续到夏季的7月下旬幼果成功坐果后为止。
菠萝蜜在生长早期应及时将树冠内和枝干上萌发出的没用的嫩芽剪掉，控制它的生长高度，也可使其更好的通风，透光，利于生长和后期的坐果。
管理期间发现徒长叶，病叶，烂叶也要及时剪掉。此外，第一年收获后应将开败但没有成熟的菠萝蜜带茎一起切掉，保留养分，促使第二年丰产。
