学校设有研究生院、6个学部以及29个学院和15个研究院，形成了包括人文科学、社会科学、自然科学、工程与技术科学、管理科学、艺术科学、医学科学等学科门类在内的完备学科体系。学校现有16个学科进入ESI全球前1%，拥有5个一级学科国家重点学科、9个二级学科国家重点学科、17个一级学科福建省特色重点学科、46个福建省一级学科重点学科。拥有31个博士后流动站；33个博士学位授权一级学科，3个博士学位授权二级学科；52个硕士学位授权一级学科，3个硕士学位授权二级学科；9个交叉学科；1个博士专业学位学科授权，24个硕士专业学位学科授权。2017年，化学、海洋科学、生物学、生态学、统计学5个学科入选国家公布的世界一流学科建设名单。
学校设有200多个研究机构，其中国家级协同创新中心2个（牵头单位），国家重点实验室4个，国家工程技术研究中心1个，国家工程实验室1个，国家地方联合工程研究中心2个，国家地方联合工程实验室3个，国家研究院1个，教育部重点实验室5个，教育部工程研究中心3个，教育部人文社科重点研究基地5个。厦门大学国家大学科技园是福建省内仅有的两个经科技部、教育部认定的国家级大学科技园之一。近五年，学校自然科学科研实力大幅提升，在《科学》《自然》《细胞》及其子刊等国际高水平学术期刊上发表论文117篇；获国家自然科学二等奖3项，何梁何利基金科学与技术进步奖1项；3人获“全国创新争先奖”，2人获“中国青年科技奖”，3项成果获中国专利优秀奖。学校人文社会学科研究实力雄厚，近五年共承担国家社科基金重大项目15项，教育部哲社研究重大课题攻关项目10项；32项成果获教育部第六届、第七届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学），其中一等奖3项；厦门大学在台湾研究、南洋研究、高教研究、经济研究、会计研究、南海研究等领域已经形成自身特色，实力居国内高校前列。
双一流学科名单：化学、海洋科学、生物学、生态学、统计学
一级学科国家重点学科（5个）：理论经济学、应用经济学、化学、海洋科学、工商管理
二级学科国家重点学科（9个）：国际法学、高等教育学、专门史、基础数学、凝聚态物理、动物学、水生生物学、细胞生物学、环境科学
福建省省级重点学科（46个）哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、民族学、教育学、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、海洋科学、生物学、生态学、统计学、机械工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、化学工程与技术、航空宇航科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、软件工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、管理科学与工程、工商管理、公共管理、音乐与舞蹈学、戏剧与影视学、美术学、设计学
教育部第四轮学科评估结果：
