裸藻水华颜色呈绿色、蓝绿色，颜色和蓝藻引起的水华很像，较难鉴别。
裸藻是具有鞭毛的，有趋光性，会呈现“早清晚绿”的特点，就是早上起来，在池塘中漂浮的比较少，越到中午就越来越多地集中在水体表面，到下午阳光强烈的时候，整个池塘都布满，水面上漂浮着一层绿油油的一层油膜，还可以看到其形成的小泡沫，用手拨开后发现下面又是一片清瘦水，裸藻的粘性比较大，会沾在手上。
裸藻水华有时也会出现红褐色（俗称“铁锈水”）或者酱油色（多发生在养殖中后期和老化池塘）。裸藻对温度突变很敏感，当遇到恶劣天气或环境变化较大时，裸藻比蓝藻、绿藻等更容易突然集体死亡而发生死藻现象。下一场大雨，或许它就消失了。
蓝藻在整个水层中分布比较均匀，不会随天气变化而变化，不会起什么小泡泡，基本上打起来的水是一个颜色。显微镜下面镜检，蓝藻都是固定不动，裸藻大部分可以运动。
裸藻和蓝藻在多个方面存在显著的差异，以下是它们的主要区别：
细胞结构与形态：
裸藻：是单细胞原生生物，具有鞭毛，又称眼虫。它既有植物特性（如含叶绿素的叶绿体，能进行光合作用），又有动物特性（如靠细胞膜吸取水里的有机物作为“食物”）。值得注意的是，裸藻的细胞外面没有细胞壁。
蓝藻：是一类进化历史悠久的大型单细胞原核生物，无鞭毛，不含叶绿体但含叶绿素a，能进行产氧性光合作用。蓝藻的细胞壁和细菌的细胞壁的化学组成类似，主要成分为肽聚糖。
生存环境：
裸藻：主要生长在静水、有机质丰富的小水体中，如水库、河沟、江河等较少见。裸藻适宜生存的温度范围很广，为20-35℃，生长时间横跨春、夏、秋三个季节，尤以6、7、8、9月份生长最旺盛。
蓝藻：广泛分布于自然界，包括各种水体、土壤中和部分生物体内外，甚至在岩石表面和其他恶劣环境（高温、低温、盐湖、荒漠和冰原等）中都可找到它们的踪迹。
水华特征：
裸藻水华：颜色多样，可呈绿色、蓝绿色、红褐色或酱油色。裸藻水华多发生在静水小水体，并常在水体表面形成小泡沫。裸藻的粘性较大，容易在水面聚集，但水体下部相对较清。裸藻对温度突变敏感，当遇到恶劣天气或环境变化较大时，容易突然集体死亡而发生倒藻现象。
蓝藻水华：颜色多为蓝绿色，在整个水层中分布比较均匀，不会随天气变化而变化。蓝藻水华的处理位置与其他地方分布比较均匀，不会起小泡。
pH值：
裸藻：绝大多数生长于pH 6.5-8.5之间的水体中。
蓝藻：大量繁殖时，pH多在8.5以上。
处理难度：
裸藻：由于裸藻具有趋光性和运动性，用药物*灭时，会迅速逃离高浓度药物区域，待药性消失后，又可重新大量增殖，因此裸藻水华不易*灭。
蓝藻：虽然药物处理蓝藻水华后可能会再次生长，但蓝藻本身不具备裸藻的趋光性和运动性，因此处理难度相对较低。
综上所述，裸藻和蓝藻在细胞结构、生存环境、水华特征、pH值以及处理难度等方面存在明显的差异。通过仔细观察和测量这些特征，可以较为准确地判断水体中的藻类种类。
