黄疸期症状是钩端螺旋体病发展到中期的重要表现。大约在发病后4-7天，患者的发热症状可能短暂缓解，但随后会出现明显的黄疸表现，这是由于钩端螺旋体侵入肝脏组织，造成肝细胞损伤所致。
患者的皮肤和眼白会呈现明显的黄染色，尿液颜色变深呈浓茶色，甚至出现黑便现象。肝区疼痛明显，轻轻触碰右上腹都会引起患者不适。
值得警惕的是，此阶段约有15%的患者可出现急性肾功能衰竭，表现为尿量减少甚至无尿，面部和下肢水肿，严重者出现尿毒症症状，如恶心、呕吐、意识障碍等。与此同时，患者的血压往往会明显下降，心率加快，皮肤出现出血点和瘀斑。
这一系列症状反映了钩端螺旋体对多个脏器的侵害，如不及时干预，病死率可高达15%-20%。特别是老年人和免疫功能低下者，一旦发展到此阶段，预后往往不容乐观。
出血性肺炎是钩端螺旋体感染最危险的表现之一。在病程进展过程中，约有30%的重症患者会出现肺部症状。患者常常感到胸闷气短，剧烈咳嗽，并咳出带血丝甚至纯血性痰液。听诊时可闻及肺部湿罗音，X光检查显示双肺弥漫性斑片状阴影。
这种由钩端螺旋体引起的肺部出血，与普通肺炎有着本质区别，它的发展速度惊人，短短数小时内就可能导致大面积肺出血。严重者会出现呼吸衰竭，表现为嘴唇发紫、烦躁不安、意识模糊等症状。
这一病理变化主要是因为钩端螺旋体及其毒素对肺毛细血管内皮细胞的直接损伤，导致毛细血管通透性增加，血液渗出到肺泡腔内。
钩端螺旋体还能激活人体凝血和纤溶系统，引起弥散性血管内凝血（DIC），进一步加重出血倾向。一旦发展到这一阶段，即使采取积极的抢救措施，病死率仍高达40%以上，是导致钩端螺旋体病死亡的主要原因。
钩端螺旋体感染如不及时治疗，可能引发多种严重并发症。肾功能衰竭是常见并发症之一，钩端螺旋体可直接侵犯肾小管上皮细胞，引起急性间质性肾炎。
由于高热、黄疸和呕吐导致的脱水，会加重肾脏缺血损伤。患者的肾小管上皮细胞脱落，形成管型阻塞肾小管，导致肾功能急剧下降。血管内溶血和横纹肌溶解也会产生大量肌红蛋白，沉积在肾小管内进一步损伤肾脏。
