清除青苔最有效的办法就是用人工到池塘进行打捞，这种方式成本低，而且不会对河蟹和水草造成伤害，只是需要大量的人力，在能不使用药物的情况下尽量用人力打捞。在池塘底部只有少量青苔时，可以将竹竿头部绑上铁丝，将池底的青苔捞出来。
如果是水面的青苔那就很好解决，除了打捞外，还有一个方法，就是用草木灰来清除。草木灰在农村很常见，含有丰富的磷、钾、钙等微量元素，除了用作肥料外，消除青苔的效果也非常好。将草木灰兑适量的水，均匀撒在青苔的表面，与阳光隔离，没有光照以后青苔很快就会枯萎。
在使用药物的时候，尽量不要使用毒性比较大的药物，这些药物的余毒较大，会误伤到正常生长的河蟹和水草。虽然青苔很快就*灭了，但水体的正常环境破坏，有益菌也被*灭，到了后期要想再肥水就比较困难。
腐植酸钠这种物质是清除青苔比较稳定的药物，它可以快速的溶于水，不会产生毒性和腐蚀，正常剂量使用对河蟹不会造成任何影响，溶于水以后，就可以遮蔽太阳光，使青苔见不到阳光，作用机理和草木灰一样。
在清除青苔时，一定要对池塘做好保护措施，因为在用药物*灭青苔的时候，池塘水体的生态环境也遭到了破坏，水草和微生物生长会受到影响，进而会影响河蟹的生长。此时需要用一些微生物制剂来调节水体，使水质恢复正常状态。
用草木灰或腐植酸钠清除青苔时，要注意用量，不能过量和多次重复使用。在过量的情况下，池塘里的水会变黑，透明度急速下降后，正常生长的藻类和水草也接受不到阳光的照射，影响光合作用，就会和青苔一起衰老死亡。
清除清苔的时间最好是在河蟹蜕壳前进行，河蟹在蜕壳期间，水中的青苔是很大的阻碍，一方面会抢走水中的营养成分，不利于河蟹蜕壳时的营养补充，另一方面青苔的丝状结构，很容易缠绕蜕壳的河蟹，发生蜕壳不遂的问题。
池塘养殖河蟹的过程中，出现长青苔是很常见的问题，处理不当，蔓延到整个池塘对河蟹的生长极为不利。有少量青苔时，首先不要盲目用药，尽量用物理方法来解决。青苔泛滥的时候治理起来比较困难，重要的是前期要做好预防措施，不给青苔提供适宜生长的条件。在治理青苔时，首先要保护好河蟹不能受到伤害，使用人工打捞或是没有副作用的药物，让河蟹和水草保持正常生长。
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