主要区别是，建设投用的时间不同
澳门外港客运码头于1989年开始动工，1993年落成正式启用。外港客运码头的主体建筑面积为65,000平方米，设14间候船室、贵宾厅、海关和出入境设施等。
澳门凼仔码头于澳门回归后有关当局考虑到外港码头的承接能力已经达到饱和状态，决定把北安码头扩建，期间设置了凼仔临时客运码头，临时码头于2007年10月16日落成启用
区别如下：
1.澳门外港客运码头：
简称“外港码头”，俗称“港澳码头”，位于澳门半岛海港前地，是澳门其中一个出入境口岸。
2.澳门凼仔码头：
又称北安码头。位于澳门凼仔新填海区，原只属辅助性质，现提升为对外口岸。
