iPhone SE一代搭载苹果A9处理器，嵌入式M9运动协处理器，内置2GB运行内存，后置1200万像素摄像头，支持Live Photos、VoLTE、4K视频录制等功能。
iPhone SE一代将摄像头配置升级至与iPhone 6s同级水准，后置摄像头像素提升至f 2.2光圈、1200万像素，闪光灯仍采用True Tone双色温补光灯，同时前置镜头也能像iPhone 6s那样，以显示屏显示颜色作为补光。此外，苹果SE一代也可以拍摄4K分辨率视频。
iPhone SE第一代发布于2016.3.21。当时发布了16G和64G两个版本。在2017年发布了容量翻倍版本，价格不变。即32G和128G版本。
