总部在上海的的有三家。两家航空公司在上海建有基地。
总部在上海的有：东方航空 上海航空公司， 春秋航空公司（民营）。
在上海建有基地的有：国航（客货运） 美西北（货运）
有上海航线的其他国内航空公司：南航 厦门航 山东航 川航 深航 海南航。
总部设在上海市的航空公司共有6家，其中包括2家货运航空公司。中国东方航空公司，注册地址：上海市浦东国际机场机场大道66号，办公地址：上海市虹桥路2550号。上海航空公司，总部地址：上海市静安区江宁路212号。春秋航空股份有限公司，总部地址：上海市虹桥机场空港一路528号。上海吉祥航空有限公司，总部地址：上海市闵行区虹翔三路80号。中国货运航空有限公司，总部地址：上海虹桥机场。扬子江快运航空有限公司，总部地址：上海市虹桥国际机场虹桥路 2550 号
