深圳地铁11号线与穗莞深城际轨道在机场北站实现换乘，20号线也可在机场北换乘。 地铁2号线、11号线与广深港高铁在福田站实现换乘。
穗莞深城际轨道改名为：穗深城际轨道。穗莞深城际轨道交通线是珠江三角城际轨道交通网主轴线之一，也是首个由广东省主导的城际轨道交通建设项目。该项目线路走向起于广州东站，经东莞至深圳机场，线路全长约87公里，全程运行时间大约为60分钟。
开工时间：2008年12月21日，在深圳市宝安区举行开工仪式。
开通时间：2018年年底实现全线静态条件验收，2019年12月15日开通。
站点：全线设新塘南站、中堂站、望牛墩站、东莞西站、洪梅站、东莞港站、厚街站、虎门北站、虎门东站、长安西站、长安站、沙井西站、福海西站、深圳机场北站、深圳机场站共15个车站。
琶洲支线：琶洲站、大学城东站、化龙站、莲花站，首末站为已建成车站。
北延段：新塘站(不含)、增城开发区站、荔湖城站、镇龙站、平岗站、佛郎村站、马头庄站、健康产业城站、竹料站、机场T3站、机场T2站、机场T1站、花山、天贵路、广州北(不含)
广州、东莞的沿线市民可以通过该城轨直达深圳机场。
而深圳市民也可以通过11号线至深圳机场，转乘该城际轨道到达东莞和广州，三地的交往将更加便捷。
在福永站（原称机场北站）与11号线换乘，在机场东站与罗宝线换乘。
