在冬天，牡丹处于休眠状态，这个时候进行修剪对牡丹不会造成伤害，有利于来年春天牡丹茁壮成长和开花效果。对于油用牡丹而言进行修剪要遵循“三枝九鼎”，剪去比较弱的枝条留下生长比较旺盛的枝条，就是每株可以留三个主枝，每个主枝可以留三个侧枝，这样既达到壮苗的效果，又能保证植株的透光通气，以便到达开花漂亮的意图。无论是观赏牡丹，还是油用牡丹，修剪都很重要。修剪到位，牡丹枝条强健，长势好。观赏牡丹会愈加凸显其独特的观赏价值。
牡丹以透光通气为根底，阳光多则枝条多，以适宜的树型为条件进行修剪。应以先剪后扎，去弯留直，去弱留强（疏芽）。
观赏牡丹以透光通气为根底，阳光多则枝条多，以适宜的树型为条件进行修剪。应以先剪后扎，去弯留直，去弱留强（疏芽）。主要有独杆型、直立型、开张型、圆球型和匍匐型等五种树型可作参考。
(1)直立型牡丹
直立型牡丹一般留3-4枝，去掉枯枝、病枝、徒长枝，疏剪密枝，将主杆枝1/5以下进行抹芽处理，以保证主杆枝的强健，促进花芽的形成。
(2)开张型牡丹
开张型牡丹枝条斜立，高可到1.2-1.3m左右。一般10枝以上枝细，简单曲折。应疏减，去细留粗，保持在6-7枝左右为宜。
(3)圆球型牡丹
圆球型牡丹能看见根部，但顶部状似圆球。一般留6枝左右，去老枝、枯枝、徒长枝，促使枝条多发新枝。
(4)独杆牡丹
杆牡丹成长态势好的时分高可到达1m，顶部枝条如伞，亭亭如盖。修剪应去1/3，留2/3。
修剪中需注意创伤要齐、圆、平，不该剪成为马蹄形以及保证侧枝和主枝不发生劈叉，创伤整齐可减少蒸腾量以及可促进创伤快速愈合，且不会损伤到树体。去掉干燥的叶子，因为枯叶仍然需要水分，且蒸腾快，所以冬天去除叶片能够让植株充分休眠。叶片的去除应从下往上，防止伤到花芽。
