鼠疫的潜伏期较短，一般在1-6天之间，多为2-3天，个别病例可达8-9天。其中，腺型和皮肤型鼠疫的潜伏期较长，约为2-8天；原发性肺鼠疫和败血型鼠疫的潜伏期较短，约为1-3天。
鼠疫的全身症状主要表现为发病急剧，高热、寒战、体温突然上升至39-41℃，呈稽留热。剧烈头痛，有时出现中枢性呕吐、呼吸促迫，心动过速，血压下降。重症病人早期即可出现血压下降、意识不清、谵语等。其中腺鼠疫、肺鼠疫、败血型鼠疫最为常见也最为凶险。
1.腺鼠疫：
腺鼠疫是最多见的临床类型，除具有鼠疫的全身症状以外，受侵部位所属淋巴结肿大为其主要特点。一般在发病的同时或1-2天内出现淋巴结肿大，可以发生在任何被侵犯部位的所属淋巴结，以腹股沟、腋下、颈部等为多见。
主要特征表现为淋巴结迅速弥漫性肿胀，大小不等，质地坚硬，疼痛剧烈，与皮下组织粘连，失去移动性，周围组织亦充血、出血。由于疼痛剧烈，患侧常呈强迫体位。
2.肺鼠疫：
根据感染途径不同，肺鼠疫可分为原发性和继发性两种类型。
原发性肺鼠疫是临床上最重的病型，不仅病死率高，而且在流行病学方面危害也最大。
主要特征表现为发病急剧，寒战、高热，体温达40-41℃，脉搏细速，呼吸促迫，呼吸频率25次/分钟或更快。病人颜面潮红、眼结膜充血，由于缺氧，口唇、颜面、四肢及全身皮肤发绀。患病初期干咳，继之咳嗽频数，咳出稀薄泡沫痰，痰中混血或纯血痰。受累的相应肺叶可以叩及到局限性浊音，而且随着病情加重，浊音界迅速扩大。肺部听诊有散在罗音(包括干性、湿性或捻发音)。心脏查体常常表现为心界扩大，心律不齐，有时可闻收缩期杂音。胸部X线可见多叶段分布的斑片状边缘模糊的高密度阴影。若不及时给予有效治疗，病人多于发病2-3天后死于中毒性休克、呼吸衰竭和心力衰竭。
继发性肺鼠疫，在发病之前，往往有腺鼠疫或败血型鼠疫的症状。当继发肺鼠疫时，常表现为病势突然增剧，出现咳嗽、胸痛、呼吸困难，鲜红色泡沫样血痰。
3.败血型鼠疫：
败血型鼠疫分为原发性和继发性两种类型。感染鼠疫菌后尚未出现局部症状即发展为败血症的为原发败血型鼠疫，而继发于腺鼠疫、肺鼠疫或其他类型鼠疫者则为继发败血型鼠疫。
主要特征表现为恶寒、高热、剧烈头痛、谵妄、神志不清、脉搏细速、心律不齐、血压下降、呼吸促迫，广泛出血，如皮下及黏膜出血、腔道出血等，若不及时抢救常于1-3天内死亡。
