1、传输速度不一样。由于mSATA接口基于SATA总线，传输速度要比mini PCI-E接口高很多。
2、所接设备功能用途不一样。mSATA用于固态硬盘；mini PCI-E基于PCI-E总线，可以为一体机扩展外围设备，如蓝牙模块、3G模块、无线网卡模块mini PCI-E接口的固态硬盘等。两者不可混为一谈，但又有共同的作用：连接固态硬盘。3、设备大小规格不一样。虽然两者接口完全一致，并且物理引脚相容都是54Pin针脚，但却有半高卡和全高卡的区别，mSATA接口安装的都是全高卡，购买模块时要注意。
