华祖庵位于亳州市中心，造型古朴，建筑都是古色古香的样貌，内部幽静雅致。穿过自怡亭径直进入是元化草堂，元化草堂的西厢“存珍斋”为华佗的药房和看病的地方。整个院落是小桥流水的格局，路边种满了花草和药材。
在千余年的历史中，华祖庵也经过了多次大规模修缮，如清朝乾隆年间和同治年间都有修缮的记载。最近一次大规模修缮是在1980年，总占地面积1.3万平方米。院中的这一处池塘，就是华佗洗药池。
在洗药池旁边，还有一片古药园，是当年华佗的药圃。华佗把许多野生的草药引入田间种植，药圃就是他的试验田。药圃内遍植菊花、芍药花、射干、曼陀罗、白术等中药材。
课徒馆是华佗当年授徒、讲学的场所。樊阿、吴普、李当之曾在此学习。正前方有一戏台，高一米，上书“五禽戏”坛，华佗经常在此打“五禽戏”锻炼身体。
