第一，管理体系不同：前者由政府任命（或职工选举并经政府审核同意）厂长(经理)，实行党委领导下的经理负责制，注重隶属关系；国有独资公司则建立以资产为纽带的现代产权管理体系。
第二，治理结构不同：前者治理结构中的“老三会”，是指党委会、工会、职代会，现代公司里的“新三会”，是指*会、董事会、监事会。新三会取代老三会，成为公司治理的核心机构。
第三，管理者角色不同：全民所有制的厂长(经理)是上级任命的，是企业法定代表人，在企业生产经营中处于中心地位。国有独资公司的经理是由董事会聘任，对董事会负责。董事会与经理层相分离，董事会是决策机构，经理层是执行机构。
第四，法律适用不同：全民所有制企业适用《全民所有制工业企业法》，这个法律虽然比较老旧，但在2009年08月27日经过一次修订后，目前仍然有效。目前，全民所有制企业将逐渐改组为有限责任公司或者股份有限公司，即“改制”。如果该全民所有制企业属于公司则也适用《公司法》，如不是公司则不适用。国有独资公司则《公司法》。
但是，有人说改制以后，国有企业就不再是全民所有制性质了。这种理解是错误的。从财产性质上说，国有资产属于全体人民所有。《国资法》规定：“国有资产属于国家所有即全民所有。” 因此，“国家所有”与“全民所有”是个等价的概念，全民所有制企业与国有独资公司只是组织形式上不同，改制前后所有制性质是不变的。
