有机肥即农家肥，鱼类排泄的粪便以及残饵和水中腐屑物质也应算是有机肥物质，其所含的氮也必须要转为胺态氮或硝态氮才能被藻类吸收，但由于转化过程需要细菌分解，所以肥效比较缓慢。同时细菌分解有机肥除了需要充足的溶解氧之外，还要求水的硬度不能太低。所以对于氨氮偏高的水体，如果施了肥后仍然肥不起来，说明这种氮肥不是无机物状态的硝态氮或胺态氮，而是大量积累的有机质或有机肥，可以改施含钙的生石灰来提高水的硬度，但氨氮高的情况不能施用生石灰，只能调整使用氮肥或者磷肥的种类和比例来促进细菌分解转化，这样水就会逐渐肥起来了。
由于水中的胺态氮和硝态氮能够相互转化，所以水中的氮肥或直接或间接都含有铵，而铵在水中通常是两种状态，即铵根离子或非离子态氨（氨气），这些东西都是有毒的，尤其是氨气。其中氨气的毒性具有随着pH值和水温升高而增大的特点，所有在夏季投放鱼苗时，应该尽量安排在早上或上午，因为下午或傍晚pH值和水温都比较高，以避免氨毒的危害。
增氧能够将氨气氧化为硝酸，所以增氧能够缓解毒性。虽然氨氮有害，但只要我们在防患与利用之间注意平衡，是可以和谐共处的，只要我们在养鱼过程中密切注意藻类变化，常开增氧机，保持充足的溶解氧，氨氮危害是完全可以避免的。
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