对战是从先攻玩家的回合开始，自己的回合和对手的回合轮流进行，直到分出胜负为止。
关于对战的胜负
关于宝可梦检查
在各玩家的回合中可以进行的动作- 第一个动作从牌库抽1张卡放入手牌此时若牌库没牌无法抽卡，则在此刻战败。
- 可自由进行的动作将1张能量卡附于宝可梦身上将手牌中的基础宝可梦放置于备战区使用训练家卡将宝可梦进化使用宝可梦的特性使用「撤退」将战斗宝可梦撤退至备战区动作顺序或动作项目皆可自由决定。
- 最后的动作使出1个战斗宝可梦的招式使出1个招式后，自己的回合就结束了。先攻玩家的最初回合不能使出招式。若无法使出招式，告知对手自己的回合已结束后即可结束回合。
用招式将对手的宝可梦「气绝」，比对手早一步拿完自己的奖赏卡即为胜方。
获胜的流程- 使出宝可梦的招式造成伤害，让对手的宝可梦HP变0
- HP为0的宝可梦就「气绝」了
- 将对手的1只宝可梦「气绝」，可获得1张奖赏卡
- 先将自己的「奖赏卡」全部拿完即获胜
- 从牌库抽1张
- 每次轮到自己的回合时，都要从牌库最上方不看正面抽1张卡，加入手牌。
- 这是必须要做的动作，一个回合开始时牌库完全没牌的玩家，在此刻战败。
- （在之前的回合抽了最后1张卡导致牌库没牌时，尚未战败。）
- 将1张能量卡附于宝可梦身上
- 宝可梦使出招式时需要能量。
- 手牌中若有能量，则可附给宝可梦，但1个回合只能附1张。
- 能量的属性，或是要附给战斗宝可梦或备战宝可梦，都可自由决定。
- 关于使用招式所需的能量
- 手牌中若有训练家卡，则可使用。
- 使用时，应向对手玩家表达使用之意，然后依卡牌说明完成其动作。使用完毕的训练家卡必须丢弃。
- 支援者卡在先攻的最初的回合不能使用。
- 关于能使用的张数
- 将宝可梦进化
- 手牌中若有从场上的宝可梦进化而来的「进化宝可梦」，则可从手牌使出该卡进行进化。请将其重叠放置于有进化标记的宝可梦身上。
- 这只猫头夜鹰可放在咕咕身上让其完成进化。
- 进化规定
- 一个回合中，刚上场的宝可梦不能进化，刚进化完的宝可梦不能再次进化。上述状况要下一个回合才能继续进化。在双方的最初回合，不能进行进化。
- 战斗场或备战区皆可进化。
- 进化宝可梦……
- 不会继承进化前的能力，进化前持有的招式或特性都不能使用了。进化后，身上放置的伤害指示物或附加的能量仍维持原状。进化后，特殊状态会恢复，其他之前受到的攻击效果（例如「下个回合无法撤退」）也会消失。
- 使用宝可梦的特性
- 有些宝可梦除了招式外，另外还拥有「特性」。若拥有特性的宝可梦在场上，则可使用其效果。使用时，应向对手玩家表达使用之意，然后完成说明文字指示之动作。有些特性是只要在场上就会自动生效的。特性与招式不同，特性使用后该回合并不会结束。
- 千针鱼的「毒刺」，是每次在战斗场受到伤害时可使用的特性。
- 进行战斗宝可梦的「撤退」
- 战斗宝可梦可进行「撤退」，和备战宝可梦互换。
- 进行「撤退」时，须将战斗宝可梦身上的无能量丢弃，须丢弃的数量请见卡牌上的「撤退」标示。
- 战斗宝可梦撤退至备战区后，立刻从备战宝可梦当中选1只上战斗场。
- 在自己的回合最多可进行1次「撤退」。
- 这只宝可梦「撤退」所需的能量数量。没有能量标记的宝可梦代表其不须丢弃能量即可「撤退」。
- 「撤退」
- 丢弃的能量不限属性。
- 战斗宝可梦身上没有足够的能量可供丢弃，或是1只备战宝可梦都没有时，不能进行「撤退」。
- 退到备战区时，身上的伤害指示物和剩下的能量仍维持原状。
- 退到备战区后，特殊状态会恢复，其他之前受到的攻击效果（例如「下个回合招式的伤害会变多」）也会消失。
- 使出1个战斗宝可梦的招式
- 前述动作完成后，最后是使出战斗宝可梦的招式，攻击对手的战斗宝可梦。
- 先攻玩家的最初回合不能使出招式。
- 只有战斗宝可梦可以使出招式。
- 若宝可梦身上没有附加足够的使用招式所需的能量，则无法使用该招式。
- 招式使出后，原本附加的能量仍维持原状。
- 没有可使用的招式，或是不想使出招式时，可向对手玩家表达「回合结束」之意，结束自己的回合。
要用「下盘踢」需要2个能量，能量属性不限。
要用「联合攻击」，需要2个斗能量和1个任意属性的能量。无色标记是指任何属性皆可。
有些招式没有标示所需能量，代表即使没有能量也能使用该招式。
