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全站仪测距时，需要对仪器进行一些设置和选择，而这些设置和选择会直接影响距离观测结果。如果不改变这些设置，仪器将沿用上一次的设置。在测距精度要求较高时，或初次使用仪器时，应全面检查仪器的各种参数设置，保证这些设置的正确性。
全站仪的测距设置一般在参数设置模式下进行，但有的设置也可以在测量模式下进行。不同的仪器，其操作过程稍有差别。
(1)距离单位选择：m(米)和ft(英尺)，一般选择m(米)。
(2)温度单位选择：℃(摄氏度)和°F(华氏度)，一般选择℃(摄氏度)。
(3)气压单位选择：hPa(毫巴)、mmHg(毫米汞柱)和inHg(英寸汞柱)。一般根据所用气压计的单位选择。
(4)测程选择：有的全站仪设有测程选择，在普通红外光时测程为1~2km，选择激光测距时，测程可达5km，当所测距离超过普通红外光测距测程时，可选择激光测距。选激光测距，会增大对人体伤害的风险，也会增大电池的功耗。
(5)比例尺选定，比侧尺选择用于对观测距离进行不同高程面的投影化算。取值范围一般在0.990000-1.010000之间，在测区高程较大的时候使用。低海拔地区一般可选择1.000000，此项设定有的全站仪称为网格因子设定。
(6)球气差改正选择：关/0.14/0.20。球气差改正是对两点间的观测高差进行地球曲率改正和垂直大气折光改正，地球曲率改正按平均地球半径6370km，垂直大气折光改正按所选垂直折光系数0.14或0.20计算。一般地区、季节和时段选择0.14，垂直折光较大的地区、季节和时段选择0.20，球气差改正选择不会对斜距和平距产生影响。
(7)合作目标选择：全站仪的合作目标可选棱镜、微棱镜、反射片或免棱镜，在免棱镜状态下，禁止照准棱镜或反射片进行距离测量。
(8)棱镜常数设定：按选定的棱镜输入棱镜常数。棱镜常数是指棱镜等效反射中心与棱镜杆中心在测程上的差值。棱镜常数由仪器生产商提供，不同型号和品牌的棱镜，棱镜常数可能不一样。棱镜常数常用PC表示，也有的用PSM表示。
(9)仪器常数设定：仪器常数是指仪器红外光等效发射点与仪器对中器中心不一致产生的距离差值。仪器常数在出厂时经严格测定并设定好，用户一般情况下不要更改此项设定，除非经专业检测机构在标准基线场测定了新的仪器常数。
(10)气象改正参数设定：全站仪发射红外光的光速随大气的温度和气压不同而改变，因此需要根据观测时的温度和气压对观测距离进行气象改正。可以在观测时输入当时的温度和大气压值，仅器自动对测距结果进行气象改正，也可以将温度和大气压值代入公式，计算出每公里距离的气象改正数(PPM，以mm为单位)，然后在仪器中输入PPM的值，仪器同样自动对测距结果进行气象改正，但这两种方法只有一种有效。当输入温度和大气压值后，气象动正数PPM的值自动计算并显示，当气象改正数PPM的值直接输入时，温度和大气压的值将自动清零。
全站仪操作手册上一般会给出仪器的气象改正计算公式。实际上，气象改正还与测距光波的波长有关。不同品牌的全站仪，其红外光的波长不尽相同，因而气象改正公式中的常数和系数不一样。
对于波长λ=0.8300μm的全站仪，当标准气象条件(即气象改正值为零的气象条件)为T=20℃，P=1013 hPa时，其他气象条件下气象改正值为
PPM=273.8 - 0.2900P/1 0.00366T
式中：温度T的单位为℃；大气压P的单位为hPa(1 hPa=0.75 mmHg)。
有的全站仪还有气象改正开关的选择：开/关。如果选择气象改正关，即使已经输入了气象改正参数或PPM的值，仪器也不会对观测距离进行气象改正计算。
(11)测距模式选择：一般的全站仪可选择的测距模式有跟踪测量、连续精测、N次精测和单次精测，跟踪测量用于运动目标以等间隔的时间连续测距，测距精度低于精测；连续精测用于对观测目标多次精测取平均值；N次精测模式下可以选择精测次数，N可选择1~5次，有的仪器可选择1~9次；单次精测就是精测1次，全站仪的测距精度比较高，大多数情况下，单次精测的精度足够了。
(12)工作文件选择：为观测数据指定一个记录文件。
(13)有的全站仪设有记录方式选择：回车记录/自动记录/仅测量。
