目前，我国的政府部门中，有海关、税务、人行等。垂直管理机构的人财物属于上级机关管理,非垂直机构的人财物属于同级政府管理。这两者的主要区别体现在:
1.人事权。垂直管理机构的人事权在上级机关。也就是，如果税务局要提拔干部，要向上一级机关申请或者备案，通过后才能启动干部晋升或者选拔程序。而非垂直管理机构需要报同级组织部备案即可。对于干部管理权限，也不相同。比如省税务局，全省副处级以上的领导干部，都需省局人事部门任命调动。而非垂直管理机构，比如市发改委，班子成员的任命都需要同级市委组织部考察任命。
2.财权。垂直管理机构的财政拨款大部分来自上级部门的拨款，属于中央财政。而非垂直管理机构的财政拨款大部分是地方财政，也就是当地财政局的拨款。相对来说，中财资金使用监控比较严格，地财比较灵活些。
3.干部交流。一般来说，普通干部的交流在垂直管理机构比较频繁，而对领导干部的交流，非垂直管理机构更有优势。
