全真教在元朝得到了发展，但是在推翻元朝统治的明朝，却遭到了抵制。明朝开国皇帝朱元璋，推崇道教的正一派，及天师派。但是却很反感佛教和全真教，可能小时候在当和尚了解到了某些内幕。
但是，在明成祖时期，全真教有一个道士叫做张三丰，是一个传奇人物。明朝皇帝虽然不喜欢全真教，但是却很敬佩张三丰，为此明成祖还专门派人去修武当山，就为了见到张三丰一面。
清朝，备受明朝皇帝冷落的全真教，又得到了看重。从康熙派龙门派道士白玄福修复武当山就可以看出来。
但是其他派系就遭到了打压了，因为清朝的信仰主流还是佛教，连太后也称老佛爷，有一种惩罚，便是抄经诵佛。
由此看来，元、清等君主比较喜欢清静无为的全真教。
到了今天，道教仍有比较多的派系流传下来。分别有以下派系：
