举例来说，英国有一种桦尺蛾，原来都是白色的。工业革命带来的煤烟把浅灰色的树干染成了黑色，1848年人们第一次发现了黑色的桦尺蛾。1950年英国实施有关控污法，随后黑色桦尺蛾比例逐年减少。这是什么原因呢？在污染的环境下，黑色桦尺蛾有生存的优势（不易被鸟类发现），就更容易生存下去。所以这不是一种竞争，而是环境选择了更利于生存的黑色蛾子。
对于长颈鹿问题，达尔文的解释是，首先长颈鹿的祖先们由于遗传的差异产生不同的个体，那些脖子比较长的祖先由于能吃到高处的叶子获得了更多的生存优势，在自然选择的作用下，日积月累变成了今天的长颈鹿。
由此我们可以发现，达尔文进化论与拉马克进化论是不一样的，拉马克强调的是环境外在的作用，达尔文强调的是内在的差异。
现代综合学派综合进化学派的诞生，根基是达尔文自然选择学说和遗传学，很多人也把古生物学作为补充根基之一。古生物学的特点是可以提供其他学科无法提供的时间标的数据，也是最直观的证据。
我们现在知道DNA是遗传物质，基因是控制生物性状的基本遗传单位。但是过去都不知道。
DNA突变的发生是随机的，实际上进化过程中也存在很大的随机性。
日本遗传学家木村资生提出中性演化学说来挑战达尔文，他认为分子水平上，绝大部分的变异对生物没有好处，也没有坏处。所以进化不受自然选择的影响。
中性演化学说实质上并没有对达尔文的自然选择提出真正的挑战，而是达尔文理论在分子水平上的补充。提出了并非一切演化都是适应性演化的结果，机遇也扮演着重要的角色。
分子生物学发展到今天，进入基因组时代，我们对进化论理解会更加深入，生物的各类性状哪些与基因有关，如何相关？哪些受环境影响更大？都需要深入研究。
古生物的新证据刚才从生物学的角度讲到的理论、进展，古生物学家也做了不少贡献。基因是摸不着碰不到的，但是化石却是真实可见的。对许多人来讲，化石证据在心理上比分子数据更具有说明力。
《科学》杂志2011年用11页篇幅介绍中国化石，标题是《精美的中国化石为生命史书增添了新的篇章》。化石最有用的一点是提供了中间类型或者过渡类型。
对达尔文进化论挑战最大的，其实就是中间类型。达尔文曾经这样说：“为什么不是每一个组和每一个层位都充满了这样中间的类型呢，这一点也许将成为对我最直接、最严重的挑战。”
“组”和“层位”指的是地层单元，像寒武纪、侏罗纪、白垩纪等等，指的是一个地质历史的时段。比如说白垩纪指的是距今1.45亿年到距今6500万年的地质时期。
找过渡类型，就需要找化石。比如说始祖鸟被我们认为是鸟的祖先，大家看始祖鸟与鸽子是有差异的，至少尾巴不一样，始祖鸟有很长的尾巴，这跟恐龙是很像的。
羽毛是鸟的特征，我们看到身上披着羽毛的就会认为是鸟类。后来有人推测恐龙身上是不是有羽毛呢？在恐龙身上确实发现了与现代鸟类很像的羽毛，比如说中华龙鸟、顾氏小盗龙。这也支持了鸟是从恐龙起源的假说。带羽毛的恐龙就属于过渡的类型。
寒武纪大爆发是一个让达尔文也很困惑的现象，化石证明生命到5亿年左右突然一下子爆发了，海洋生物也出现了生机勃勃的景象，这是为什么呢？
有人估计过地球上曾经生活过的物种有几十亿，但是能够保存为化石的不到1%。过去100年，古生物学家发现了大量距今5-6亿年的化石，比如说埃迪卡拉生物群、翁安生物群、蓝田生物群、关山动物群等等。
随着工作的不断深入，我们会发现越来越多空白被填补，原来认为突然出现的大爆发，实际上并不是突然出现的，化石记录提供了重要的逐渐过渡的证据。
不管是达尔文进化论还是现代综合进化论，关于基因与环境的作用，我们都没有100%搞清楚，无论是从地质学、古生物学，还是遗传学的方面，这是一个值得深入探讨的问题。
重新认识对进化论的误解日本生物学家太田朋子说：“在自然界能够最终被保留下来的，不见得是那个最能够适应环境的特征，不好的性状，由于机遇，在自然界也有可能被固定下来”。
那进化有没有方向性呢？实际上生物进化没有预见性、没有目的性。因为自然选择只着眼于当前，没有变得越来越进步的趋势，所以进化是具有偶然性的。
达尔文认为，说一种动物比另外一种动物高级，其实是很荒缪的。高级、低级都是人为的价值判断。
简单总结一下。
第一，达尔文进化论获得了更多的证据，得到了极大的丰富与发展。
第二，自然选择依然是进化的主要动力，但机遇也很重要。放到现在，也许我们说适者生存 幸者生存，甚至还可以加一个美者生存。
第三，生命的进化本身已不仅仅是假说，甚至是理论。而是毋庸置疑的事实。
人从哪里来？1859年达尔文发表了《物种起源》；1871年发表了《人类的起源与性选择》，达尔文的书彻底打破了人是超自然力量创造的思想禁锢，改变了人们对世界的看法，也让人们知道了自己是谁。
我们人是谁呢？用分类的观点来讲，首先我们属于动物界，我们是脊索动物，是脊椎动物、哺乳动物，我们是类人猿亚目，是人科、人属、智人种。
