在《纹章之谜》后，《火纹》系列还将再创新高，加贺昭三借鉴了莎士比亚的经典戏剧《奥赛罗》，并结合凯尔特神话和北欧神话创作出了一个至今仍让人称道的作品：《火焰纹章：圣战之系谱》。（全体起立，鼓掌）
被奉为系列经典的《圣战之系谱》至今仍是系列评价最高的作品，过去在我们国内，玩《火纹》而没玩过《圣战之系谱》就不配称自己为真正的粉丝。
不过这都是过去的事情了，《火纹》早已在历史的漫漫长河中改变了自我，老《火纹》和新《火纹》已经大不相同，现在的《火纹》没法也没必要再和过去的《火纹》进行比较了，当然这些都是后话，我们还是先说回这部作品本身。
《圣战之系谱》之所以经典主要还是在其宏大的剧情，本作的剧情共分为上下两部，谱写了三代人的悲壮史诗，为了让不熟悉游戏的朋友也能了解本作的伟大，这里我们多花点篇幅简单介绍下剧情。
遥传过去发生过一场“圣战”，神龙王带领12名圣战士打败了黑暗龙，为世界带来了和平。
带有暗龙旁系血统的希琼与公爵生下一子阿尔维斯，后来因为公爵的所作所为，希琼开始对不幸的婚姻失望并与王国的王子发生婚外情，结果这段婚外情被公爵发现，最后王子被公爵*死，希琼则回到了村子，生下了自己与王子的女儿蒂娅多拉，因为王子是圣龙直系，所以蒂娅多拉同时带有圣龙血统和暗龙血统。
多年后，长大后的蒂娅多拉爱上了我们的主角辛格尔德，游戏前期的剧情还是比较王道的，辛格尔德为了拯救青梅竹马的好友四处征战并大获全胜，但是故事并不会一帆风顺，上一辈的恩怨造就的恶果还没有结束，因为童年的遭遇，性格变得扭曲的阿尔维斯开始搞事情了。
当辛格尔德攻破阿格里斯特王国，大获全胜之时，留在后方的老婆蒂娅多拉被她同母异父的哥哥阿尔维斯带走并洗脑成了他的妻子。
辛格尔德的部队则被阿尔维斯打上了叛军的名号，上部的最终章，当他来到王都想要问清怎么回事时，阿尔维斯将他和玩家辛苦培养的部队全部淹没在火海中，深陷阴谋，被王国迫害的一代英雄就此殒命。
在故事的下部剧情中，主角们变成了上代主角的子代们，他们在十多年的奋战中不断成长，并最终形成了一股强大的反抗势力。
反观阿尔维斯这边，在暗黑教团的推动下，他和蒂娅多拉两个同样带有暗龙血统旁系的人结婚并生下了尤里乌斯和尤利娅俩兄妹，他们分别带有暗龙血统和圣龙血统，是宿命中注定的死对头。
但在多年以后，暗黑教团操纵尤里乌斯弑母并流放亲生父亲，年纪轻轻就登上了王座。（一代枭雄阿尔维斯最后落得个如此下场，着实是令人唏嘘）
他的妹妹尤利娅在看到他弑母的恶行后受到强烈的精神冲击，为躲避兄长的残害跑出了王国，并因此失忆，接着命运又让她遇到了自己同母异父的兄弟，也就是辛格尔德和蒂娅多拉的儿子，塞利斯（他也继承了蒂亚多拉的圣龙血统）。
游戏最后，塞利斯和尤利娅率领反抗军揭竿而起打败了暴政的尤里乌斯，并打败了背后操纵一切的暗黑教团及黑暗龙。
