辛格尔德军最终击败古兰贝尔大军，手刃父亲的仇人兰格瓦特卿与陷害父亲的兰格瓦特卿。然而等待着辛格尔德等人的不是胜利的欢呼，而是以叛国的罪名并勒令处以死刑。当时的年轻才俊近卫军团长威尔托玛公爵亚尔维斯卿执行了这一任务，自此辛格尔德及一路艰辛走来的所有同伴在玩家面前毫无抵抗地被屠*殆尽，“命运之门”的这一刻深深震撼了所有火纹的玩家。
在激烈战斗中，有势力的诸方公爵们死伤殆尽，而一直站在暗处的亚尔维斯卿得到了王国的实权。他消灭了敌对的西连西亚、连斯塔两个王国，终于统一了优古多拉尔大陆，并在国民压倒性的支持下成为古兰贝尔帝国的初代皇帝。然而17年的岁月过去，过去曾狂热地支持着亚尔卫斯皇帝的人们被高压统治折磨得苦不堪言，人民渴望出现拯救他们命运的英雄。在北方的偏僻村庄提尔那诺古中组成了夏南王子为首的反抗军，一天天地累积力量。在这一代年轻的骑士中有被伊萨克人们尊称为“光之公子”的古兰贝尔皇子，一名少年俊才的解放军盟主，其名为赛利斯——已故辛格尔德与蒂娅多拉夫妇之子。
继承了父辈们遗产，众多同伴集合在夏南和赛利斯身边，踏着曾经被他们父母踩遍的大地，反抗军一步步向王都巴哈拉进军，经过惨烈而壮大的战争，赛利斯一行终于击倒了古兰贝尔帝国皇帝之子尤里乌斯。优古多拉尔大陆英雄们的传说将成为火纹玩家心中永远的经典。
《火焰纹章：圣战系谱》的剧情跨越三代，地图横跨整个大陆，纵横数千里，气势磅礴之中却流露着温馨细腻。父代中生死与共培养出来的情谊，子代中兄妹姐弟携手抗敌，敌方角色除了十恶不赦的恶人还夹杂着被命运作弄的悲剧人物，父子成仇、兄弟反目几乎在每一个章节上演，游戏的整体氛围渗透着深深的沉重感。
