风之杖
大陆变化之后人们的外表也发生了变化，佐拉变成了会飞的鸟，kokiri变成了yahaha那样的生物，然后加农从水里复活，*死了两个贤者之后开始寻找塞尔达的后人，但是由于找不到开始乱抓尖耳朵的女人。林克开始了消灭加农的旅程，最后发现塞尔达竟然是身边的小妹妹，加农马上就要得逞的时候国王出现摸了下三角许愿说希望让海拉尔被淹没来换取人们的幸福，最终林克战胜加农，把他变成了石头。
幻影沙漏
林克和泰特拉的海贼团继续在广袤的大海上冒险，而这一次他们来到了一片由海王掌管的海域。一艘笼罩在迷雾中的幽灵船出现在众人面前，泰特拉只身登船调查结果遭遇不测；而同样想要上船营救泰特拉的林克却不慎坠入了海中，和伙伴们分开。
灵魂轨迹
又过了近百年。航海时代已经结束，人类已定居在了新大陆之上；这片大陆是由灵魂一族“洛克莫”族人守护的，有着发达的火车文化，灵魂的铁轨四通八达。海拉尔王室就在这片大陆休养生息，勇者的血脉也得到繁衍。然而和平注定不会长久，王室公主的保姆科尔（Cole）竟是这片大陆远古恶魔的仆从，密谋策划让魔王玛拉多斯（Malladus）复活。为此他夺走了塞尔达公主的身体，破坏了灵魂之塔，整片大陆上的铁轨也陆续消失。而塞尔达公主的灵魂幸免于这场劫难，并和我们的主人公林克一起，展开了修复大陆铁轨，夺回自己身体的有趣冒险。
