最终幻想7的系列故事一共分为5部内容，分别是《危机之前》、《核心危机》、《最终幻想7》、《圣子降临》以及《地狱犬》。其中《最终幻想7》是系列的正传，《危机之前》和《地狱犬》是外传，《圣子降临》是一部CG动画，内容发生在正传之后，而《核心危机》是与正传关联最为紧密的前传。这里说的主要故事线，实际指的是《危机之前》、《核心危机》以及《最终幻想7》，其中前两部时间上处于平行和部分叠加交错状态，《核心危机》开始略早于《危机之前》，但两者的结果就是正传的开始，那么下面就开始阐述《最终幻想7》系列的主线故事。
故事发生在20世纪中叶，人类科技水平已经高度发达，有一家叫做“神罗”的公司希望能够掌控世界，他手中有两件武器：第一，通过垄断开采“魔晄（huang三声）”的专利发展科技；第二，通过外星生物的细胞来与人类结合制造怪物。这家“神罗”公司和生化危机中的安布雷拉是一个性质，只是手段不一样而已。安布雷拉表面上是一家生物制药公司，但是背地里主要以研发生物武器为主；“神罗”表面上是矿石开采和能源制造和传输公司，可实际上*是合成生物武器的勾当，两家公司的目的都是掌控一切。“神罗”公司开采的“魔晄”，大家可以把他想象成一种不可再生的天然矿石，这种矿石可以提炼出能量，大家可以想象成现实中人类从天然矿石中提取铀235来制造核能一样，这种矿石不断减少会对地球造成一种不可逆的伤害。这种伤害公司是知道的，但是出于经济利益的考虑，开采仍在继续。同时，为了平息外界对“神罗”的干预和不满，公司组建了自己的武装力量，这个武装力量中的核心角色有：萨菲罗斯、杰内西斯、安吉尔以及外号“小狗”的扎克斯。前三个人都是公司里1st的顶级特种兵，而此时的扎克斯还是2nd，他正在努力成为1st。恰好公司决定要一举铲除自己的死对头“五台”组织，扎克斯和安吉尔被分在A队，在任务中和B队协同作战。
这个叫“五台”的组织一直以来都是反对“神罗”，他们打出的旗号是：“反对开采魔晄，保护星球”。为了对抗“神罗”，他们也拥有自己的武装力量，只不过很弱而已。随着“五台”的战败，世界人民只能依赖魔晄能源，于是“神罗”终于实现了他的野心，成为世界经济、军事和政治的统治者。然而民间依然存在反“神罗”的势力，其中以一个名叫“雪崩”的组织势力最大。在一次行动中，他们和神罗精锐塔克斯在米德加尔的八番街遭遇，双方随即爆发冲突，塔克斯逼退了雪崩，但这只是雪崩的佯攻，他们另一队人准备刺*神罗的社长，最终社长受了枪伤但不致命，于是他调来了神罗传说中的1st特种兵——萨菲罗斯来处理后面的事宜。然而这次刺*也只是佯攻，雪崩真正的目标是炸毁魔晄炮，由于萨菲罗斯的即时赶到，双方在炮口恶战了一番，雪崩不能战胜，只能趁机撤退，计划宣告失败。
雪崩的下一个目标是一位拥有特种兵资料的博士，塔克斯奉社长的命令前往保护，克劳德也参与了这次任务。这一次，雪崩成功的破译了博士手中的资料，他们利用资料里的内容建立了一只名为Revans精锐小队，并在一次行动中捕获了两名神罗的特种兵。虽然塔克斯联合扎克斯去袭击雪崩组织，但依然没有阻止雪崩将两名特种兵改造成人造兵器的事实。
这件事情之后，社长开始怀疑塔克斯，认为里面有奸细泄露情报，不过塔克斯最后调查发现是社长的儿子一直在暗中支持着雪崩组织。与此同时，塔克斯现任主任维尔多特摧毁了雪崩组织，雪崩组织高层之一的谢尔斯为了病重的艾尔菲，选择投降到塔克斯，令人惊讶的是，这个艾尔菲竟然是维尔多特失散多年的女儿菲利希亚。被事实震撼到的维尔多特选择从塔克斯辞职，接替他职位的是前雪崩科学家——武人。菲利希亚病重的原因是她持有一块魔石的碎片，这块碎片在不断的吸食她的生命力，如果需要救她，救必须集齐全部的四块碎片，其中的一块在武人手中。
神罗社长的亲儿子暗中支持雪崩组织这件事让社长本人非常难堪，为了不让丑闻传出去，他决定派遣神罗公司武器开发主管斯卡莱特去抹*整个塔克斯。与此同时，雪崩组织在武人的控制下，彻底变成了一个Revans邪恶军团，他希望集齐全部的魔石碎片，并利用艾尔菲的力量释放召唤兽，来摧毁神罗，也摧毁星球上的所有生命。塔克斯得知后奋起反抗，在最后一战中，武人为了实现愿望，不惜让自己与魔石融合，把自己变成怪物。但最终，塔克斯还是击败了魔化后的武人。
最后，接替塔克斯领导职位的曾谎称艾尔菲在战斗中死亡，但实际上，艾尔菲被送到了神罗科学家宝条那里，供其继续研究。经此一战后，雪崩组织算是彻底瓦解了，但是米德加尔的贫民窟里，一个小型的雪崩组织正在形成中，这个组织发现了一个武人未实现的计划——炸掉1号魔晄炉，于是，在他们的新任领导巴雷特的带领下，这个计划正在准备进行中。这就是《危机之前》的主要剧情，也是最终幻想7故事的起点。
