之后会进行一场讨论会，在这里回答各个部门主任提出的所有问题。你必须决定是专注于合成人开发，或者合成人队伍的研发。无论你选择什么，都会与学院结盟，当然，这会对你与其他派系的关系造成影响。
到此为止
父亲大人命令你干掉铁路，直接快速旅行到老北教堂，和戴瑟蒙娜对话。你可以选择是否干掉他们，如果选择干掉他们的话，则铁路组织被歼灭，相关任务也无法继续完成，慎重。
歼灭铁路组织后，回去和父亲大人谈话。开启下一个任务。
飞船坠落
下一个要干掉的就是钢铁兄弟会了。你需要以下计划来完成：在学院先进系统与黎博士碰面（如果她不在，找伊万·沃森），选择“是时候了”选项。他们会解释计内容。
来到波士顿机场，首先要摧毁三个发电机，让学院可以传送合成人过来。地图上标出了发电机的位置，中途会遇到机枪炮塔和其他敌人的攻击。但可以远距离摧毁发电机，具体位置如下：
第一个在垂直飞机起降场的较远一侧。
第二个要从电梯上去，有机器人和机关炮塔看守。
第三个位于在自由至尊的附近。
