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逃离危险后的玛丽发现自己变小了，回到酒店后在电视上看到柯南的身影。回想起十年前在日本沙滩遇到的少年，推测柯南就是工藤新一。随即联系MI6的朋友，查到工藤新一的资料，决定返回日本秘密调查。
回到日本后，玛丽让世良真纯接近柯南，借机偷取恢复身份的药物。并拥有了领域外的妹妹的称号。截止目前，玛丽得知秀一死亡，但并不清楚秀一化身冲矢昴。也不知道灰原哀的真实身份。
三、赤井秀吉及赤井真纯
秀吉改名为羽田秀吉后完成将棋七冠王，获得太阁名人的称号。和身为警察的宫本由美相爱，因其邋遢的形象被由美称为臭吉。与大哥赤井秀一一直保持联络，得知秀一并未死亡。但并未将这一消息告诉给母亲玛丽。
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真纯则以读书为主，练习了截拳道，拥有敏锐的洞察力和不错的推理能力，擅长摩托车，医学知识丰富。三年前随玛丽前往伦敦，后来见到变小的玛丽。为了接近柯南，真纯转学到帝丹高中成为小兰的同班同学。在修学旅行中确认了存在能让身体恢复的解药，因而开始试探灰原哀，但没有成功。后来冲矢昴在真纯面前说出口头禅，吸引到真纯注意，并将此事告诉给玛丽，玛丽对冲矢昴产生怀疑。
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可以看出，赤井一家早在19年前就卷入到黑衣组织之中。按照玛丽和艾莲娜的关系，玛丽应该知道很多组织的秘密。而赤井务武因调查羽田浩司案才与组织产生联系的说法，或许可以理解为，借羽田浩司案调查黑衣组织。而赤井务武究竟是不是还活着，玛丽掌握的组织秘密还有哪些，赤井一家什么时候才会迎来大团圆，这些问题只有看后期剧情的发展了。
